扁桃體算是呼吸道的防衛機關之一，可以過濾病菌併產生抗體，保護呼吸道和食道不受病菌侵入，而在三到五歲時正是最發達的時期，10歲以後逐漸萎縮，因此兒童時期的扁桃體炎是防治的重點。如同其他的淋巴腺體一樣，若有病菌入侵，就會有增生腫大的現象。所以很多的呼吸道感染都會有扁桃體和咽喉淋巴腺體的紅腫發炎。若扁桃體發炎特別嚴重，會有化膿的現象。
入侵身體導致扁桃體炎的病原微生物相當多，百分之七十是病毒感染，像鼻病毒、冠狀病毒、腺病毒、流行性感冒病毒、副流行性感冒病毒、腸病毒等。其餘少數是細菌性感染引起的。病毒感染後易繼發細菌感染，產生較重的臨牀表現。
由於每個機體抵抗力的不同及病菌的不同，扁桃體炎的症狀也不同，有多種多樣的表現。有的則會出現輕微感冒症狀、頸部淋巴結腫大、口腔潰瘍等症狀。當然，也可能有較嚴重的感冒症狀、全身不舒服等。有時候扁桃體腫得太大，阻礙了鼻子的呼吸暢通。某些病毒甚至可能使扁桃體腫大到出現上呼吸道阻塞的症狀，使患兒呼吸困難。
