羊水有胎糞污染者，經清除口咽、鼻胎糞粘液後必須用新生兒喉鏡檢查，並予氣管插管吸淨爲止，未吸淨之前不宜正壓通氣。胃內容物也應吸淨，避免嘔吐再次吸入和厭食等胎糞性胃炎的發生。
入新生兒室後，尚需重點監護，給超聲霧化每４～６小時一次以求稀釋，霧化後接着根據病變所佔肺段的支氣管走行方向作體位引流、拍擊、震動等胸部物理治療，有利於疏導梗阻物，改善肺不張。霧化液中按需要可加入抗生素，支氣管擴張劑和粘液溶解劑。嚴重病例當血氣異常、ＰａＣＯ２進行性升高者，可用滅菌生理鹽水１～２ｍｌ通過氣管導管注入氣管，通氣１～２分鐘後再作吸引，如此反覆灌洗，吸引至分泌物清晰爲止。灌洗後若自主呼吸有力可拔除氣管導管，密切觀察。若患兒有自主呼吸，吸入高濃度氧能保持ＰａＯ２在５．３３～６．６７ｋＰａ（４０～５０ｍｍＨｇ），可不用機械通氣，而給血管擴張劑妥拉蘇林。
機械通氣可使胎糞顆粒進入深部，故需謹慎使用。指標調節原則是用較高的氧濃度、較快的頻率、較短的吸氣時間、較長的呼氣時間和儘可能低的壓力，以減少過度膨脹的肺發生氣漏。如有躁動，可用鎮靜劑和肌肉鬆弛劑。給氧過程中應用經皮測氧監護，以精確指導氧濃度的調節。
注意保暖，維持中性溫度，密切監護心率、呼吸、血壓，定時測血氣、記出入量。常規給廣譜抗生素，防止感染。如有低血糖，低血鈣、氣胸等情況，則對症治療之。
