（一）非手術治療
幼兒直腸脫垂多可自愈，故以非手術治療爲主。即隨着小兒的生長髮育，骶骨彎曲度的形成，直腸脫垂將逐漸消失。如糾正便祕，養成良好的排便習慣。排便時間應縮短，便後立即復位。如脫出時間長，脫垂充血、水腫，應取俯臥位或側臥位，立即手法復位，將脫垂推入肛門，回覆後應做直腸指診，將脫垂腸管推到括約肌上方。手法復位後，用紗布卷堵住肛門部，再將兩臀部用膠布固定，暫時封閉肛門，可防止因啼哭或因腹壓增高而於短期內再發。若患病時間較長，使用上述方法仍不見效，可用注射療法。方法：將5%石炭酸植物油注射於直腸粘膜下或直腸周圍一圈，分4～5處注射，每處注射2ml，總量10ml。注射途徑可經肛門鏡在直視下將藥物注射到粘膜下層，使粘膜與肌層粘連;或經肛周皮膚，在直腸指診下做直腸周圍注射，使直腸與周圍粘連固定。
（二）手術治療
成人不完全脫垂或輕度完全脫垂，若括約肌張力正常或稍弱，可行類似三個母痔切除術或膠圈套扎治療，也可使用硬化劑注射治療。若括約肌鬆弛，可考慮做肛門環縮小術或括約肌成形術。
成人完全型直腸脫垂的治療以手術爲主，手術途徑有經腹部、經會陰、經腹會陰及骶部4種。手術方法較我，但各有其優缺點及複發率，沒有哪一種手術方法可用於所有的患者，有時對同一患者需要用幾種手術方法。過去手術只注意修補盆底缺損，複發率較高，近年來對直腸脫垂的腸套疊學說進行研究，手術注意治療直腸本身，現多使用下列手術。
