在胚胎的發育過程中睾丸的正常下降受到內分泌激素和物理機械因素的影響，影響睾丸下降的物理因素有睾丸繫帶由提睾肌的牽引作用腹內推壓睾丸降至陰囊內，正常的附睾發育也是睾丸下降的因素。
隱睾的異常位置停留的時間越長，所居位置越高，睾丸的損害越大，其主要不良後果包括：如果睾丸沒有下降到陰囊內，出生二年內還只有輕度的組織改變，包括生精小管變細，生精少，小管周圍組織 增強，間質細胞增加或減少而支持細胞增加，隨後的一年更明顯，表現爲膠原纖維增寬、變密，加重小管的病理損害，進而致生殖母細胞轉化發生障礙。故出生後第二年時有38%患兒的睾丸沒有生殖細胞。
