沒有人聲稱能夠了解這個流行病的多個原因的一切信息，但是家長和醫生有必要知道一些理論，因爲這些理論爲本書所介紹的療法提供了一個基礎。大家越來越趨向認爲大多數自閉症類障礙來自遺傳和環境兩個因素。遺傳因素可能爲障礙設置了平臺，環境因素顯得像一個導火索，推動基因產生自閉症。
環境因素觸發了體格，思維和情感的失調，進而造成了孩子大腦的飢餓。關於環境因素的特徵和作用機理已經有很多理論來解釋了。但是目前尚沒有一項研究準確地找到一種造成自閉症的環境毒素或污染物，實際上造成自閉症的毒素不大可能只有一個。堅實的證據顯示造成我們孩子障礙的毒素和機理都是多樣化的。
僅僅是遺傳？
科學家長期認爲自閉症是一種遺傳疾病。然而基因研究還不能識別自閉症缺陷所屬的特定染色體或者基因位置。這些孩子很少表現出染色體缺陷兒童（如唐氏，威廉姆斯和脆性X染色體）在懷孕早期出現的面部和身體的畸形特徵。儘管遺傳因素如何影響自閉症還是一個謎，但很清楚的是許多自閉症孩子可能有遺傳上的易患病傾向。我們從Reed Warren 所作的研究中可以瞭解這方面的知識，同時也因爲自閉症更傾向於在雙胞胎中出現。進一步說，男孩子患自閉症的機率是女孩子的四倍。以上幾個研究結果暗示着自閉症跟各種遺傳因素有某種聯繫，但是遺傳因素針對一個具體個案究竟扮演什麼角色還不清楚。單就一個孩子來說，可能是多種環境誘因造成了自閉症的形成。在大量的這樣孩子中，拋去遺傳缺陷的考慮，一種或幾種共同的環境誘因可能是可以治療的病竈，例如亞臨牀的病毒感染或者重金屬中毒。
除了一種純粹的基因症候羣可能導致自閉症外，基因研究者已經在許多自閉症孩子（不是全部）中都發現了一種同樣的基因標示種類。一種控制免疫系統功能和協調的基因是C4B，它參與清除病竈，例如身體的細菌和病毒。注意力缺失加多動症（ADHD）和誦讀困難和自閉症的人羣，其發生C4B基因缺陷的頻率偏高。
當我們談論自閉症兒童時，都認爲他們具有遺傳病弱性，實際上有的孩子可能不是這樣。現在，人們開始重視和研究遺傳的和後天的病弱性。所以，自閉症文獻中出現了關於免疫相關基因的研究。
