鼻咽癌的病因有多種，經研究調查，遺傳因素和病毒因素是造成鼻咽癌的兩大“罪魁禍首”，鼻咽癌病人常有明顯家族史，也就是說，鼻咽癌會有一定的遺傳概率，除此之外，90%的鼻咽癌病人都曾經感染過EB病毒，但專家認爲，EB病毒是不是鼻咽癌的病因，需要進一步證實。
㈠遺傳因素：鼻咽癌的發病有明顯的地區性，有明顯的種族和家族聚集性。鼻咽癌好發於黃種人，很少見白種人患有此病。鼻咽癌發病高的家族如遷居海外，其後裔仍保持高發病率的傾向。鼻咽癌病人常有明顯家族史。這些現象說明遺傳背景在本病發生中起着一定的作用。
㈡病毒因素：我國90%以上的人在年幼時都已感染過EB病毒，EB病毒的感染是十分普遍的。而鼻咽癌的發生具有明顯的地區性，因此不能認爲EB病毒的感染就是鼻咽癌的病因。但是在大量研究中又發現EB病毒與鼻咽癌的關係十分密切。
⑴對鼻咽癌病人的血清用免疫酶法檢測抗EB病毒殼抗原的免疫球蛋白A（VCA/IgA），發現其抗體陽性率爲90.9%，而其他腫瘤，包括頭頸部癌，其抗體陽性率僅爲3.5%，正常人的抗體陽性率是0.6%。同時，VCA/IgA的抗體滴度可隨病情的康復而逐漸下降。反之，當病情復發或惡化時則抗體滴度又明顯升高。此外，不論高發區或低發區內的鼻咽癌病人，其EB病毒核抗原（EBNA）100%爲陽性，而其他頭頸部癌全部陰性。
⑵通過多聚酶鏈反應（PCR）技術進行擴增檢測，證實鼻咽癌細胞內存在有EB病毒的的片斷（DNA和BamHIW片段），而在正常鼻咽部組織中則不存在這一片段。
⑶在體外，用含有EB病毒的細胞株感染鼻咽上皮細胞後，受感染的上皮生長加快，核分裂相亦多見。在鼻咽癌組織中，EB病毒不只是處於潛伏狀態，而且有病毒的複製。
儘管如此，EB病毒是不是鼻咽癌的病因，尚沒有肯定下來。進一步的研究工作在進行之中。
