活動期宜臥牀休息給高營養低渣飲食。嚴重病例暫禁食，糾正水與電解質平衡紊亂，採用腸內或腸外高營養支持。貧血宜補充維生素B12、葉酸或輸血。低蛋白血癥可輸清蛋白或血漿。爲控制腸道繼發感染，可選用廣譜抗生素和甲硝唑。藥物治療可選用水楊酸偶氮磺胺吡啶、腎上腺皮質激素或6-巰基嘌呤，對控制活動期症狀有效。
支持療法和對症治療十分重要。加強營養、糾正代謝紊亂、改善貧血和低白蛋白血癥。必要時可輸血、血漿、白蛋白、複方氨基酸，甚至要素飲食或靜脈內全營養（TPN）。Teahon經10年觀察113例克羅恩病服用要素飲食，其緩解率爲85%，與腎上腺皮質激素相比，其緩解率以及1,3,5年的複發率無明顯異常。解痙、止痛、止瀉和控制繼發感染等也有助於症狀緩解。應用阿托品等抗膽鹼能藥物，應警惕誘發中毒性巨結腸可能。補充多種維生素、葉酸以及鐵、鈣等礦物質。鋅、銅和硒等元素是體內酶類和蛋白質的組合成分，具有保護細胞膜作用。
一水楊酸偶氮磺胺吡啶(Sulfasalazine,SASP)和5-氨基水楊酸(5-ASA)適用於慢性期和輕、中度活動期病人。SASP在結腸內由細菌分解爲5-ASA與磺胺吡啶。後者能引起胃腸道症狀和白細胞減少、皮疹和精液異常而導致不育等不良反應；而前者則是SASP的有效成分，主要是通過抑制前列腺素合成而減輕其炎症。治療劑量爲4-6g/d，分4次服用，一般3--4周見效，待病情緩解後可逐漸減量至維持量1-2g/d，維持多久說法不一，多數主張連續應用1~2年。一般認爲SASP不能預防克羅恩病復發。對不能耐受SASP或過敏者可改用5-ASA。5-ASA的劑型有多種，國內 如Pentasa(頗得斯安)2}-4g/d，分4次服用；奧沙拉嗪(含2分子5-ASA，由偶氮基聯結而成)等。對直腸和乙狀、降結腸病變可採用SASP或5-ASA製劑2-4g/d灌腸或栓劑0.5g/枝,1--2次/d，肛門用藥。嚴重肝、腎疾患、嬰幼兒、出血性體質以及對水楊酸製劑過敏者不宜應用SASP及5-ASA製劑。有介紹對SASP過敏者可試脫敏療法，可能使部分患者得以繼續服用SASP。方法是先停藥1-2周後，自250mg/d開始，每7-10天增加250mg/d，至2g/d時維持。一般認爲妊娠和哺乳期可繼續用藥，但也有認爲妊娠最後數週不宜使用。
二腎上腺皮質激素皮質激素的作用爲穩定溶酶體酶，減少毛細血管通透性，抑制化學趨向性及吞噬作用，並能影響細胞介質的免疫反應。常用於中、重症或暴發型患者。治療劑量爲潑尼鬆(強的鬆)40-60mg/d，用藥10-14天，有75%一90%患者症狀緩解，以後可逐漸減量至5一15mg/d，維持2--3個月。對不能耐受口服者，可靜滴氫化可的鬆200-400mg/d或甲基強的鬆龍48mg/d或ACTH40-60u/d,14天后改口服潑尼鬆維持。由於皮質激素的嚴重副作用和無益於預防，因此一般主張在急性發作控制後儘快撤掉。10%一15%病人在完全停用激素後症狀復發而需長期口服潑尼鬆10-15mg/d以控制病情，也可採用隔日口服潑尼鬆或合用SASP或s-ASa作爲維持治療。對直、乙結、降結腸病變可採用藥物保留灌腸，如氫化可的鬆唬珀酸100mg,0.5%普魯卡因100m1，加生理鹽水100m1；緩慢直腸滴人，每晚1次；也可與SASP,s-ASA或錫類散等藥物合併使用，妊娠期也可應用。用藥過程中應警惕腸穿孔、大出血、腹膜炎及膿腫形成等併發症。
