肛瘻的發病率僅次於痔。雖然肛瘻的類型多種多樣，但肛瘻的臨牀表現有以下共同特徵：
1.疼痛：
瘻管通暢無炎症時，一般無疼痛，只有肛門局部略有腫脹感，行走時可加重，若外口封閉，瘻管存積膿液，或糞便進入瘻管，則會疼痛加重或排糞時疼痛加重，而內盲瘻則常感直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時疼痛加重。
2.瘙癢：
肛門部皮膚由於膿液及其他排出物刺激，常感覺皮膚瘙癢。
3.排膿：
排膿是其主要症狀。一般來說，新生成的瘻管排膿較多，膿汁粘稠，黃色、味臭;瘻管日久的排膿相對較少，或時有時無，稀淡如水;若膿量增加，則表示新瘻管生成。瘻管有時會暫時封閉，不排膿液，從而出現局部腫痛，體溫上升，以後封閉的瘻口破潰，又排出膿液，也可從瘻口排出氣體或糞便。
4.全身症狀：
多數無全身症狀;當肛瘻侵犯範圍較大較深或支管較多時，反覆炎症感染，會導致消瘦、貧血、便祕、排便困難等全身症狀。
5.硬結或瘢痕：
由於瘻管壁及瘻口的反覆刺激，使纖維組織增生，在管壁和瘻口形成質韌的結締組織，常表現爲瘻管周圍皮膚變色，表皮脫落，凹陷變形，觸及條索狀硬結通向肛門內。
