最常見的症狀是反覆腹痛。由於小兒對疼痛部位的表達常含糊不清，會泛指臍周或臍上。做父母的往往認爲孩子患了腸蟲症或腸痙攣，會給孩子服用驅蟲藥或緩解腸痙攣的藥物，但是，這些孩子即使吃了藥或打了針後腹痛仍不消失。
小兒慢性胃炎的腹痛多爲持續隱痛或陣發性痙攣腹痛，有的可發生在餐前或餐後，有的可發生在夜間，有的則毫無規律性。此外，病人還可有嘔吐、消瘦、上腹痛、貧血，甚至消化道出血的症狀。由於小兒慢性胃炎的臨牀表現往往不典型，因此，年輕的家長若發現孩子有原因不明的腹痛，應想到慢性胃炎的可能，帶孩子去醫院檢查確診。
