複發性口腔潰瘍首先與免疫有着很密切的關係。有的患者表現爲免疫缺陷，有的患者則表現爲自身免疫反應，也就是由於各種因素，使人體正常的免疫系統，對自身組織抗原，產生免疫反映，而引起組織的破壞而發病。其次是與遺傳有關係。
另外，複發性口腔潰瘍的發作，常常還與一些疾病或症狀有關，比如消化系統疾病胃潰瘍，十二指腸潰瘍，慢性或遷延性肝炎，結腸炎等，另外貧血，偏食，消化不良，腹瀉，發熱，睡眠不足，過度疲勞，精神緊張，工作壓力大、月經週期的改變等等。隨着一種或多種因素的活躍、交替、重疊就出現機體免疫力下降，免疫功能紊亂，也就造成了複發性口腔潰瘍的頻繁發作。
口腔潰瘍的常見病因主要有以下幾方面：
1、內分泌變化：有些女性患者往往在月經期發生，可能與體內雌激素量下降有關。
2、精神因素：有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病，可能與植物神經功能失調有關。
3、消化系統疾病及功能紊亂：如腹脹、腹瀉或便祕等情況。
4、遺傳因素也是導致口腔潰瘍的原因之一。如父母雙方均患有複發性口腔潰瘍時，其子女約有80— 90%患病，若雙親之一患此病時，其子女約有50—60%患病。
5、其他因素：如缺乏微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12等，可降低免疫功能，增加複發性口腔潰瘍發病的可能性。
