臨牀研究發現，重症肌無力患者身上常可測出其他自身抗體，且多伴其他自身免疫性疾病，認爲重症肌無力的病因與自身免疫機制有關，臨牀應用免疫調節或抑制藥物治療確實達到緩解或顯著改善的效果。治療重症肌無力常用的免疫調節或抑制藥有以下4種。
①糖皮質激素
口服糖皮質激素，強的鬆等是一線選擇藥物，可以使70-80%的患者得到緩解或顯著改善。如病情危重，可使用糖皮質激素衝擊，期間須嚴密觀察病情變化，因糖皮質激素可使肌無力症狀在4-10天內一過性加重並有可能促發肌無力危象。
②硫唑嘌呤
硫唑嘌呤與糖皮質激素聯合使用比單用糖皮質激素效果更好，單獨使用硫唑嘌呤時雖有免疫抑制作用但不及糖皮質激素。多於使用後4-12個月起效，6-24個月後達到最大療效。
③環磷酰胺
主要用於糖皮質激素與硫唑嘌呤、甲氨蝶呤、黴酚酸酯或環孢菌素聯合使用不能耐受或無效的患者，與糖皮質激素聯合使用可以顯著改善肌無力症狀，並減少糖皮質激素使用劑量。
④環孢菌素
主要用於硫唑嘌呤不能耐受或無效的患者，可以顯著改善肌無力症狀，並降低血中乙酰膽鹼受體抗體的濃度。
特別提示：症狀進行性加重的重症肌無力患者，應使用免疫抑制劑，一般聯合使用強的鬆和硫唑嘌呤，並加用雙磷酸鹽類藥物或抗酸藥物降低骨質疏鬆、胃腸道併發症;對於這一方案無效或不能耐受的患者，可以使用其他免疫抑制劑。
