女性患性病，臨牀症狀不明顯或缺乏特徵性，是女性性病診斷較困難的原因之一。例如，陰道分泌物或白帶增多，可以是多種不同性病都會出現的共同症狀，臨牀上難以據此鑑別爲何種疾病。其次，男性外生殖器易暴露，方便臨牀直接觀察檢查，而女性常需藉助擴陰器做內檢，才能觀察到陰道和宮頸的病變，臨牀檢查較爲困難。如發生在陰道或宮頸的尖銳溼疣，若病變小或部位隱匿，極易造成漏診。
此外，實驗室檢查在男女患者的敏感性和特異性上也有差異。例如，同爲淋病，在分泌物塗片做革蘭氏染色檢查時，男性對此的診斷敏感性和特異性高達95％～99％，而女性對分泌物塗片的敏感性僅有50％左右。也就是說，用塗片檢查診斷女性淋病，有一半的患者可能會漏診。因此，女性淋病的診斷常常需要做分泌物細菌培養。
