持續高水平的乙肝病毒複製，是發展成爲肝硬化或肝癌的高危因素，而有效的抗病毒治療可減少肝硬化和肝癌的發生率。選用抗病毒藥物，應根據病人的年齡、病情輕重、是否合併有肝硬化、病毒載量有無變異、是否應用過抗病毒治療、是否合併其他疾病等情況來綜合判斷。
一般來講，首選核苷類抗病毒藥物，如拉米夫定、阿德福韋酯、恩替卡韋、替比夫定，用藥至少需要1年以上，以減少疾病反彈的機會。
重型肝炎患者服用拉米夫定，可有效抑制病毒複製，降低血清及肝組織內的病毒載量，並改善肝組織的炎症壞死程度。大部分患者對其耐受性較好，其主要缺點是容易導致耐藥。
阿德福韋酯能抑制病毒複製，有效降低病毒載量，特別是對於拉米夫定耐藥的患者仍然有效。因此可用於拉米夫定治療後發生病毒變異的病例，也可以用於中、重度肝功能不全的患者。其常用劑量是安全的，但應用大劑量可能出現腎毒性。
恩替卡韋是HBVDNA聚合酶的有效抑制劑，可抑制病毒複製的啓動和延長步驟，發揮作用較快，作用更強，對拉米夫定耐藥的病毒株也有明顯的抗病毒作用。
對e抗原陽性、無肝硬化失代償、年輕、病毒載量低的患者，可使用干擾素進行治療，療程至少6個月。如果患者病毒載量偏高、有干擾素的禁忌症、用干擾素治療無效或肌注後出現高燒不能耐受者，可選用拉米夫定或阿德福韋酯。
值得注意的是，對於急性乙肝伴有骨髓抑制或糖尿病的病人，不宜給予抗病毒治療;重型肝炎病人，不能用干擾素治療，以免加重肝細胞壞死。
急性丙肝(HCV)感染的慢性化發生率高達50%～85%，進展爲肝癌的平均時間約20年，較HBV感染後發展爲肝癌的平均時間短。因此，一旦確診爲急性丙肝，應及時給予抗病毒藥物治療，在醫生指導下應用長效干擾素和利巴韋林，足量、足療程給藥，不能輕易停藥，以避免造成病情波動和反覆。
