人流併發症，最常見的有三種：一是損傷，多爲子宮穿孔，常見於哺乳期婦女，由於子宮較軟，往往因器械進入宮腔的方向不對而刺穿子宮；少數大月份人流的初產婦，由於宮口緊，不能開放，致使手術困難，在擴張宮頸或吸刮時器械從子宮峽部的後壁穿出，造成子宮破裂。
其次是出血，孕月大，出血則多。子宮損傷、胎盤殘留、合併出血性疾病、生殖器炎症等，均可引起出血過多。三是感染，術時消毒不嚴，合併生殖器炎症，均可引起術後發熱。生殖器發炎，可使纖細的輸卵管管腔粘連，導致日後宮外孕，甚至不孕。有資料顯示，約有７０％的子宮內膜異位症患者有人流史，可能是拔管時的倒吸將活性子宮內膜衝入腹腔引起。
