專家指出，肛瘻手術後最常見的併發症爲出血、尿瀦留。
1.尿瀦留：肛瘻術後較少發生尿瀦留，若發生尿瀦留，應採用熱敷、鍼灸等手段進行治療，對經各種治療仍未排尿者，則採用導尿的方法。
2.出血：肛瘻手術一般創面較大，傷口較深，該局部血管豐富，因而血管損傷較多，經常可發生術後出血。爲此，在手術中一定要結紮明顯的出血點，對深部不易結紮的血管，要電灼止血，查無出血後，以紗布填充，加壓包紮止血。而對仍有出血者，應打開創面，重新止血。
