儘管“無痛人流”相對來說更快速、安全、無痛，但也不是人人都適用，更不能經常做，尤其是未生育過的女性更要慎做“無痛人流”。
首先，術中所用的麻醉藥對呼吸系統有短暫抑制作用，必須在有極好的監測及搶救設施下才可施行。該術並非簡單，而是屬於一種高危手術，有嚴格條件與程序，有心臟病史、血壓不正常或對麻醉藥物過敏者應慎重採用此術。全身麻醉需要專業的麻醉師掌控，並根據患者個人情況及對麻醉劑的反應隨時調整劑量，但很多醫院並未在人流室配備專業的麻醉師，而是由實施人工流產手術的婦產科醫生或者護士來給予全身麻醉。
其次，在麻醉過程中，很少數人發生過敏等反應，需要麻醉醫生的監護方可安全過關。但很多醫院在門診實施人工流產手術，很難做到麻醉醫生在場的嚴密監護。
再次，在實施“無痛人流”前必須禁食禁飲至少6小時，否則在手術或麻醉中會出現嘔吐現象，嚴重的會產生誤吸危險。但很多患者和醫生由於對此重視不夠，並未嚴格遵循這一點。
目前人工流產手術仍然處於醫生的經驗操作，手術中觀察不到器械對子宮的損傷程度。在普通的人工流產手術中，醫生可根據患者對手術的反應來判斷是否操作得當。但在“無痛人流”時，因爲受術者痛覺、意識消失，若技術不熟練或操作粗魯，即使術中極大損傷子宮內組織，受術者也不知曉;若麻醉藥物用量過大致其呼吸停止則有性命之危。尤其是某些服用興奮劑(搖頭丸)的婦女，在非正規的醫院做人流時就需要超大劑量注射麻醉藥，極易發生呼吸停止威脅生命。
其實“無痛人流”只是減輕受術者的痛苦，由它引發的併發症(諸如子宮穿孔、不完全流產、細菌感染等)機率並不少於其他方式的人流。
