跟骨骨刺引起行走疼痛的基本原因，是因骨刺對足部軟組織長期的慢性刺激，使受刺激的局部產生慢性無菌性炎症。無菌性炎症及其代謝產物刺激了足部組織的神經末梢，從而出現疼痛及不適感。
如人在行走時，骨刺必然與周圍肌肉、腱膜等軟組織產生摩擦等，造成不同程度的組織損傷。這些損傷包括局部出血、水腫、滲出、組織纖維化、炎性細胞（如淋巴細胞）浸潤、代謝產物在局部組織中堆積等，這些損傷及反應都會刺激感覺神經，使人有疼痛感。
此外，行走時骨刺對足底部皮膚和軟組織的壓迫，以及跟骨內血液淤積及壓力增高等，也是產生疼痛的原因。
