肛瘻多爲一般化膿性感染所致，肛瘻應積極治療，一般常用掛線及切除的方法。掛線多在門診做，術前要做好配合，不要精神緊張。術前日晚間洗澡更衣，尤其是肛門及周圍皮膚要用肥皂多洗幾遍，晨起將大便排淨，再清洗肛門及周圍皮膚。
肛瘻發炎化膿時，如外口閉塞，可用消毒的針頭挑破外口，排出膿液，同時可用清熱解毒的中藥（黃柏15克、蒲公英10克、朴硝30克、大黃30克、地丁草15克）煎湯外洗。如肛瘻的分泌物多時，內褲要勤換、勤洗暴曬，也可用肛門帶保護肛門，以免過多污染內褲。肛門帶亦要經常換洗，不要讓膿液、分泌物積留患部。
術後要保持大使通暢，可服緩瀉劑如石蠟油，蜂蜜等，痛時服止痛片。手術後第二天開始坐浴，每日早晚及使後各做1次，浴後擦乾局部，塗以2%黃連素軟膏。5～7天到醫院緊一次線，直到橡皮筋脫落、肛瘻勒開爲止。脫線後局部可塗生肌散或消炎藥膏，一般三週左右傷口可癒合。
積極防止肛瘻的形成，肛門周圍組織感染要及時治療，平時注意肛門及陰部衛生。肛瘻的分泌物多時，內褲要勤換、勤洗暴曬，也可用肛門帶保護肛門，以免過多污染內褲。肛門帶亦要經常換洗，不要讓膿液、分泌物積留患部。
有人推測性激素的影響是肛瘻發生的主要原因。肛瘻是肛門直腸周圍膿腫的後遺疾患，所以肛門直腸周圍膿腫是引起肛瘻的根本原因。膿腫破潰或切開後不能癒合，最終形成瘻管，其主要原因：
1、結核桿菌、放線菌等感染所形成的膿腫，克隆氏病等難以自愈而形成特殊性肛瘻。
2、肛門直腸周圍膿腫破潰或切開多在肛門外，膿液從外口流出，但原發感染多在肛竇。肛竇則是繼發感染的門戶，反覆感染，形成瘻道。
3、肛門直腸周圍膿腫破潰後，膿液排出，膿腔逐漸縮小，外部破潰口和切口也縮小，腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，因而不能自然閉合。
4、瘻道彎曲、或有竇、分支，引流不通暢，膿液瀦留，反覆感染，造成瘻道不易癒合。
5、瘻道多在肛門括約肌之間通過，由於括約肌經常不斷地收縮與舒張，壓迫瘻道，影響膿液的排除，容易貯膿感染而難以癒合。
6、直腸內有一定的壓力，將直腸感染物質如糞便、氣體，可經常不斷地從內口進入瘻道，刺激腔壁，繼發感染後由外口排出，也是造成瘻道的原因。
7、肛門靜脈迴流不暢，局部經常淤血，組織營養不良，影響癒合。
