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很多人擔心停藥後會懷上畸形胎兒，臨牀上爲此堅決要求人工流產者大有人在。其實，避孕藥的致畸作用與停藥後受孕的間隔時間密切。只要掌握好懷孕時機，胎兒是安全的。
關於避孕藥的致畸效應，國內外學者進行了大量研究。有人發現，在妊娠前6個月內曾服用避孕藥的婦女，其自然流產胎兒染色體畸變率有增高趨勢;妊娠時誤服避孕藥以及停藥後1個月內妊娠的嬰兒，其先天畸形發生率有增加的趨勢。
實驗發現，大劑量避孕藥對動物胚胎細胞和人體細胞去氧核糖核酸(DNA)確有一定的損傷作用，但停藥後這種損傷可以修復。因此，爲了優生優育，以停藥後6個月後妊娠較爲安全。
停藥後1-3個月，機體即可恢復排卵，因此，停藥後必須立即改用其他避孕方法，以免受孕兒可能受到避孕藥的影響，而產生一定的思想負擔。萬一在停藥6個月內懷孕，也不必緊張，可主動到醫院就診，向婦產科醫生說明詳情，以便正確處理此次妊娠。
如果妊娠早期出現陰道流血等症狀，可能與染色體畸變有關，可不必勉強"保胎"，流產可能是異常胚胎的自然淘汰。如果妊娠過程正常，可以嚴密監護，必要時進行染色體、羊水、超聲檢查，如檢查結果正常，可以繼續妊娠，加強孕期監護，如上述檢查結果異常，可考慮終止妊娠 。
