單純使用西藥或單純使用中藥治療乙肝，經常達不到理想的療效。科學合理的聯合治療可以明顯提高療效。
1.抗病毒+抗病毒。對於早期抗病毒效果不佳或是已有病毒變異耐藥產生的乙肝患者，可以使用抗病毒藥物聯合治療，例如拉米夫定聯合阿德福韋治療拉米夫定耐藥位點出現突破者。也有人採用干擾素聯合拉米夫定的強強聯合抗病毒。但是抗病毒藥物之間的聯合是有講究的，不能隨意聯合，例如干擾素聯合替比夫定不僅不會提高療效，反而會加重替比夫定的不良反應。
2.抗病毒+保肝抗炎+免疫調節+抗肝纖維化。如果把乙肝治療比作抗日戰爭的話，抗病毒治療好比一線作戰，保肝抗炎治療後勤支援，免疫調節等於抗日聲援和氛圍，抗肝纖維化等於修復失地、重建家園。因此要想取得乙肝治療的成功，應該是多方位的聯合治療。目前抗病毒治療主要依靠干擾素和核苷類似物兩大類藥物；保肝抗炎有甘草酸製劑、五味子製劑等；免疫調節有胸腺肽製劑；抗肝纖維化有中藥鱉甲、丹蔘等複方製劑。
3.中藥+中藥。中藥製劑的功效與主治有所不同，有時患者表現出的證候較爲複雜，例如肝膽溼熱與瘀血阻絡互存，這時可以採用兩種中藥聯合，既解決肝膽溼熱也要解決瘀血阻絡。
4.西藥+中藥。抗病毒治療的有效藥物主要依靠西藥，例如干擾素合核苷類似物等，而抗肝纖維化以及保肝抗炎方面主要靠中藥製劑，例如複方鱉甲軟肝片和六味五靈片等。如果抗病毒的西藥和保肝抗炎、抗肝纖維化的中藥聯合起來，效果更好。
