中國的乙肝患者大多數是圍生期或嬰幼兒時期感染的，存在着比較明顯的免疫耐受現象，相當一部分病人的乙肝病毒脫氧核糖核酸已經和肝細胞的脫氧核糖核酸整合了。這些病人用干擾素治療的效果是很差的，表面抗原陰轉率很低。即便是使用了一段時間的干擾素後，e抗原或乙肝病毒脫氧核糖核酸陰轉了，但過一段時間又會轉陽。所以在選擇用干擾素時要掌握適應證。一般地講，在近期內感染、成年人、女性患者、沒有自身免疫性疾病現象、血清丙氨酸氨基轉移酶波動在正常值的3~10倍範圍、不伴有黃疸或血清膽紅素小於80微摩／升，沒有肝硬化證據，也不伴有心、肺嚴重疾病的病人可選擇使用干擾素。丙型肝炎患者對干擾素治療反應要比乙型肝炎病人好，而丁型肝炎對干擾素反應差。在使用干擾素時，還要掌握類型和劑量。已知的干擾素有三種，即α、β、γ。抗病毒效果好的是γ干擾素。
干擾素劑量與療效有關。目前多數學者主張治療乙肝採用中等量，即每天300萬～500萬單位或隔日給藥，療程不能少於3個月或更長。丙型肝炎的治療劑量，中華醫學會傳染病學會推薦用兩種方案：一種方案爲每天300萬單位，每週2次，24周爲一療程；另一種方案爲每天300萬單位，8周後改每週3次，總療程24周。
干擾素治療肝炎，乙型肝炎的e抗原、乙肝病毒脫氧核糖核酸、丙肝病毒核糖核酸陰轉後一部分病人可能再轉陽，這樣的病人繼續使用干擾素，可收到相同的效果。另外，還有一部分病人在治療過程中產生抗干擾素的抗體，造成進入人體的干擾素被中和而失去作用，這一類病人治療效果一般不好，可更換天然α干擾素治療。
干擾素治療有一定的毒副作用，可發生發熱、食慾不振、肌肉痠痛、脫髮、白細胞、血小板降低等不良反應，所以不是所有的肝炎病人都適用。要根據病人的具體情況，在醫生的指導下應用，同時監測肝、腎功能和血常規改變。
