一、 呼吸系統感染的種類和病原微生物
呼吸系統包括鼻、咽、喉、氣管、支氣管、肺、胸膜及胸膜腔等。呼吸系統的任何部位均可發生感染，氣管以上部位的感染可統稱爲上呼吸道感染、支氣管及其以下部位的感染可統稱爲下呼吸道感染，下呼吸道感染習慣上也稱爲肺部感染。呼吸系統感染按病程可分爲急性和慢性;按感染途徑可分爲流行性、吸入性和血源性;按病變的解剖部位可分爲咽喉炎、氣管炎、支氣管炎、肺炎，肺炎又可進一步分爲大葉性、小葉性和間質性;按獲得感染的場所又可分爲社區獲得性肺炎(CAP)和醫院獲得性肺炎(HAP)。細菌是造成呼吸系統感染的重要病原體，也是常見的病原體，其次是病毒、支原體、衣原體和真菌等。
2003年由中國呼吸學會感染學組進行爲期14個月的成人CAP病原譜和預後流調，共有22個城市36所醫院參加。致病菌分離陽性率爲52.1%(327例)，最常見的細菌爲肺雙27.5%(90株)，流感嗜血桿菌22.9%(75株)，副流感嗜血桿菌14.1%(46株)，肺炎克雷伯桿菌(肺克)10.4%(34例)。非典型病原體：肺支38.9%，肺衣11.3%，軍團菌4.0%。PRP30.7%。耐紅黴素佔64.8%。氟喹諾酮類和頭孢菌素類藥物敏感率≥80%。CAP病死率1.1%(6例)。
2004年呼研所病原譜與藥敏結果：分離細菌1426株，G-桿菌913株(64.1%)，G+球菌360株(25.2%),念珠菌屬153株(10.7%)，白念111株;麴黴菌屬39株。前5位G-桿菌依次爲酮綠假單胞菌，非發酵類(包括嗜麥芽窄食單胞菌)、不動桿菌屬(包括鮑曼不動桿菌)，副流感嗜血桿菌，克雷伯菌屬及流感嗜血桿菌。
G-桿菌產超廣譜酶(ESBLs)：肺克50%，大腸桿菌71.4%，腸桿菌屬45.5%。 前5位球菌分別爲卡他球菌(G-、雙球菌)，全黃色葡萄球菌，凝固酶陰性葡萄球菌，鏈球菌，草綠色鏈球菌。但肺雙僅分離3株(0.8%)。
不同的病原菌對抗菌藥物的體外敏感率有差異。酮綠：阿米卡星82.5%，哌拉西林/他唑巴坦78%;亞胺配能76.7%，分離自ICU菌株耐藥率則達78.16%。頭孢哌酮/舒巴坦74.2%，頭孢他定73.3%。嗜麥芽：頭孢哌酮/舒巴坦73.3%，替卡西林/捧酸65.8%，環丙沙星55.3%。鮑曼不動桿菌、克雷伯菌屬、大腸桿菌，首選亞胺配能96.7-100%，其次爲哌拉西林/他唑巴坦、頭孢哌酮/舒巴坦、頭孢他定、頭孢吡肟。
G+球菌對萬古黴素、替考拉寧等敏感。
二、呼吸系統感染的病原學診斷
(一)痰標本塗片及培養
痰標本作塗片鏡檢和培養是診斷呼吸系統感染病原最常用的和無創性的方法。但痰液易被上呼吸道定居菌污染，或痰中細菌分佈不均，從混雜菌羣中分離致病菌不易和以前用過抗生素治療亦影響痰液檢查的結果。爲了取得合格的痰標本，可囑病人以無菌鹽水漱口2~3次，作深咳，無痰的病人以3~10%高滲鹽水霧化後深咳，留取膿性痰，儘快送檢，不得超過2h。痰塗片作革蘭染色，鏡檢篩選合格標本(鱗狀上皮細胞<10個/低倍視野、多核白細胞>25個/低倍視野，或二者比例<1：2.5)，接種作半定量培養。塗片油鏡檢查見到典型形態肺炎鏈球菌或流感嗜血桿菌有診斷價值。
(二)特殊的有創性檢查技術
氣管針刺抽吸術(TTA)、纖維支氣管鏡檢查、防污染毛刷(PSB)、支氣管肺泡灌洗術(BALF)、經支氣管活組織檢查、胸腔鏡檢查、經皮穿刺肺活檢和開胸肺活檢等有創性檢查，需要根據每個病人的情況、衡量操作的利弊、考慮病人的基礎疾病和預後等情況才慎重選用。
(三)檢測結果診斷意義的判斷：
(1)確定：①血或胸液培養到病原菌;②經纖維支氣管鏡或人工氣道吸引的標本培養到病原菌濃度≥105cfu/ml(半定量培養++)、支氣管肺泡灌洗液(BALF)標本≥104cfu/ml(+--+)、防污染毛刷樣本(PSB)或防污染BAL標本≥103cfu/ml(+);(2)有意義：①合格痰標本培養優勢菌中度以上生長(≥+++);②合格痰標本少量生長，但與塗片鏡檢結果一致(肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、卡他莫拉菌);③入院3天內多次培養到相同細菌。
(四)藥敏試驗結果判定標準與臨牀意義
藥敏結果判定採用三級劃分制：
①高度敏感(S)：細菌感染用常規劑量抗菌藥物治療有效時，稱這種細菌對該抗菌藥物高度敏感，即常規劑量用藥時達到的平均血濃度超過該細菌最低抑菌濃度(MIC)的5倍以上;②中度敏感(M)：當細菌感染僅在用大劑量抗菌藥物治療纔有效或細菌處於體內抗菌藥物濃縮的體液如尿液、膽汁中才被抑制時，稱這種細菌對該抗菌藥物中度敏感。即常規劑量用藥時達到的平均血濃度相當於或略高於該細菌的MIC;③耐藥(R)：細菌感染在用大劑量抗菌藥物治療無效時，稱這種細菌對該抗菌藥物耐藥，即大劑量用藥時的平均血濃度達不到細菌的MIC。
