流膿是主要症狀，膿液多少與瘻管長短、多少有關，新生瘻管流膿較多，分泌物刺激皮膚而瘙癢不適，當外口阻塞或假性癒合，瘻管內膿液積存，局部腫脹疼痛，甚至發熱，以後封閉的瘻口破潰，症狀方始消失。由於引流不暢，膿腫反覆發作，也可潰破出現多個外口。較大較高位的肛瘻，常有糞便或氣體從外口排出。檢查時外口常爲一乳頭狀突起或是肉芽組織的隆起，擠壓有少量膿液排出，多爲單一外口，在肛門附近。也有多個外口，外口之間皮下瘻管相通，皮膚髮硬並萎縮。也有多個外口位於兩側，瘻管成“馬蹄形”，直腸指診在病變區可觸及硬結或條索狀物，有觸痛，隨索狀物向上探索，有時可捫及內口。若外口不整齊，不隆起，有潛行邊緣，肉芽灰白色或有乾酪樣稀薄分泌物，應懷疑爲結核性肛瘻。
肛瘻內口是原發病竈部位，定位不清必然造成治療上失敗，因爲切除或切開內口是治癒肛瘻的關鍵。尋找和確定的肛瘻內口的方法有：
（一）肛鏡檢查 直視下看到齒線全部，內口常在紅腫發炎的肛瘻，有分泌物，對可疑的肛隱窩可用銀質園頭探針探入。
（二）探針檢查 先於肛門內插入手指，用銀質園頭探針，由外口沿管道向腸腔方向輕輕探入，完全性肛瘻，腸腔內手指在齒線附近可摸到探針確定內口，探時切忌盲目用力，免成假道，使感染擴散。
（三）染色檢查 將幹紗布放入直腸內，將美蘭1～2ml由外口徐徐注入，然後拉出紗布，如有染色，即證明有內口存在。
（四）手術檢查 切開瘻道，沿瘻道尋找內口，一般容易找到。
