結核菌是一種很麻煩的細菌，它可以在令人意想不到的部位致病，如中耳炎、生殖器炎症、腸結核等，肛瘻是其中之一。結核菌隨糞便排出，引起肛門周圍炎症而發展成肛瘻。因此有人認爲肛瘻是結核性的，治療起來比較困難，現在普遍認爲肛瘻原因爲結核是個極大的錯誤，對年輕人提起結核的話有許多人都不知其爲何物。
目前，結核已不再是令人恐懼的疾病，經過治療是完全可以治癒的。
結核性肛瘻也不少見，其起病較緩慢，局部疼痛不劇烈，較長時間纔有破潰瘻外口;流出的膿稀薄，色白;內口較大，邊緣不整齊;外口較多，邊緣常凹陷;瘻管分支較多，情況較一般肛瘻複雜。
結核性肛瘻患者，常伴有全身症狀，如低熱、消瘦、貧血、納差、乏力、盜汗、咳血等。在治療中較化膿性肛瘻困難。
治療上應選用全身抗結核藥治療，如雷米封、鏈黴素等。手術原則同其他肛瘻，但傷口癒合緩慢，易復發。
