慢性細菌性前列腺炎在致病菌種類方面與急性細菌性前列腺炎基本相同，二者細菌病原學方面的的區別在於，慢性細菌性前列腺炎病人的前列腺液中細菌的數目較少。
病原學特點
在前列腺液的細菌培養中有可能需要數天甚至數月才能得到陽性結果，這個特點一方面使得慢性細菌性前列腺炎與急性細菌性前列腺炎相比臨牀上存在着較大的不同；另一方面，這種低細菌濃度的情況也使抗菌藥物的效用及機體自身免疫吞噬作用的效率大大降低，因而增加了治療的難度。
解剖特點
在解剖結構上，前列腺的腺管進入前列腺的周圍帶，使尿液容易進入前列腺，與此同時必然影響前列腺液順利地進入尿道。此外，前列腺周圍帶發生炎症所引起的水腫可壓迫導管進一步阻礙前列腺液的排出。在這種情況下，感染物質的堆積和阻塞造成了腺管內的纖維組織沉積以及結石的形成，從而促進慢性炎症的發生和發展。
分泌功能障礙
前列腺的分泌功能障礙也被認爲是細菌性前列腺炎，特別是慢性細菌性前列腺炎的發病機理之一。儘管前列腺液的pH在正常人中可以是酸性或鹼性的，但在慢性細菌性前列腺炎患者中均是鹼性的。鋅存在於正常人的前列腺液中，並且是抗菌因子的重要成分，而它在慢性細菌性前列腺炎患者中水平很低，這可能在慢性細菌性前列腺炎的發病中起到了重要酢用。
