病人由潛伏期進入艾滋病病變期。由於T4淋巴細胞的大量耗失，巨噬細胞和自然殺傷細胞〈NK細胞)功能下降，致成嚴重的細胞性免疫缺陷，而導致艾滋病的形成。
艾滋病的各種症狀都是逐漸發生，慢慢發展，日趨嚴重，如日漸消瘦，疲憊乏力；接着發生各種機會性感染和惡性腫瘤，或者中樞神經系統感染。患者常於半年至1年死亡，常死於肺抱子蟲肺炎(病死率爲43．8%)、卡波西肉瘤(21．4%)或中樞神經系統感染。艾滋病病毒與機體免疫力之間的關係相當複雜。
實際上；艾滋病病毒不僅進入T4淋巴細胞，也進入血流中的其它有CD4受體的細胞，如單核細胞也進入人體的各種臟器，包括腦、胃腸道、肝、腎及其它器官。這些器官中都有相當多的巨噬細胞，它們也是艾滋病病毒導向的靶細胞。目前，除了腦部感染已經證明與艾滋病病毒有關外，其它臟器表現的症狀和體徵是否也與艾滋病病毒有關，尚缺乏直接證明。
