HIV-1感染伴隨着CD4+T細胞計數的進行性下降和病毒載量的增加。因此感染程度可以通過檢測病人的CD4+T細胞計數和HIV在血液中的水平決定。
初次HIV感染一般發生是在感染者體液傳入非感染者後發生。感染的第一階段，即初期或急性感染，病毒快速複製，爲在暴露HIV後導致外周血中出現大量病毒（通常是每毫升上百萬病毒）的一段時期。這一階段免疫應答伴隨着外周血中CD4+T細胞數量顯著下降。事實上，這種急性病毒血症在所有病人中都與CD8+T細胞的活化相關，CD8+T細胞活化可以殺傷HIV-感染細胞，引發抗體產生或血清轉換。CD8+T細胞應答在控制病毒水平中起重要作用，良好的CD8+T細胞應答雖然不能清除病毒但卻與延緩疾病進程以及更好的預後密切相關。在這段時期，大部分個體（80-90%）有發熱、不舒服、淋巴結病、咽炎、頭痛、肌痛和有時還會出現紅疹等流感樣病症。由於症狀的非特異性，並且並非所有的HIV感染都會有這些症狀，因此，即使病人去看醫生或去了醫院，也經常被誤診爲具有同樣症狀的普通感染性疾病。因此，這些基本的症狀不被作爲HIV感染的診斷指標。然而，識別這些症狀非常重要，因爲病人在這段時期通常具有很強的傳染性。
強有力的免疫應答可以減少血液中的病毒顆粒數目，並作爲臨牀潛伏階段開始的標誌。臨牀潛伏期可以從2周到20年不等。在感染的早期階段，HIV在淋巴器官中比較活躍，大量的病毒被濾泡樣樹突細胞（FDC）網絡所捕獲。富含CD4+T細胞的周圍組織可以同樣被感染，無論是在感染細胞中的病毒還是遊離病毒都得到了累積。本階段的個體仍具有傳染性。在這期間，CD4+CD45RO+T細胞攜帶着絕大部分原病毒。
當CD4+T細胞數量降到一定程度時，細胞介導的免疫功能將丟失，就會發生各種機會性感染。最先出現的症狀通常有緩慢而無法解釋的體重下降、呼吸道感染的反覆發作（如竇炎、支氣管炎、中耳炎、咽炎）、前列腺炎、皮疹和口腔潰瘍等。通常CD4+T細胞介導免疫應答能夠控制的普通機會性感染和腫瘤便會開始侵襲患者。典型的例子是，早期對口腔念珠菌和結核分枝桿菌的抵抗消失後，可以增加對口腔念珠菌和結核的易感性。晚期，皰疹類病毒的復發加重皰疹類病毒感染，如單純皰疹、帶狀皰疹、EB病毒導致的B細胞淋巴血癥，或卡波西氏肉瘤（一種當HIV蛋白如Tat與人皰疹病毒-8相互作用時發生的上皮細胞瘤）等。由卡氏肺孢子蟲引起的肺炎是常見的，而且通常也是致命的。在AIDS的最後階段，感染鉅細胞病毒（另一種皰疹病毒）鳥型分枝桿菌複合物感染十分常見。並不是所有病人都會發生所有這些感染和腫瘤，也會發生其它一些不十分常見但也十分重要的腫瘤和感染。
