一、侷限性
無論是外科病理學還是腫瘤病理學診斷，都是根據臨牀表現、手術所見、肉眼變化和光鏡下特徵綜合作出的。有時尚須結合免疫組織化學、流式細胞分析、自動圖象分析、超微結構，甚至隨訪結果才能確診，所以是一門依賴經驗積累的診斷學科，隨着不斷的實踐和總結經驗才能逐步提高。
其次，活檢標本、巨體取材和切片檢查均屬抽樣檢查，最終在光鏡下見到的僅是病變的極小部分，有時不能代表整個病變，
病理醫師在診斷時和臨牀醫師在閱讀病理報告時均應加以注意。對手術切除標本，經組織病理學檢查可發現5%以上是原來未知的疾病，因而應將每例標本均送病理檢查。如闌尾炎切除標本中偶可見到類癌，切除的皮膚“黑痣”中可發現惡性黑素瘤或基底細胞癌等。
病理診斷必須密切結合臨牀所見和其他特殊檢查，如妊娠期的宮頸微囊型腺體增生酷似腺癌，鱗形上皮基底細胞增生活躍可與原位癌相似。同時因爲腫瘤的病理形態是多種多樣，同一腫瘤可具有不同的形態變化，據此以區分亞型，而不同的病變亦可能在光鏡下所見略同。
分化良好的惡性腫瘤有時在光鏡下與富於細胞的良性腫瘤甚至生長活躍的瘤樣病變幾乎難以區別，臨牀醫師必須清楚：組織病理學診斷也有一定的侷限性，有時可產生診斷不足或診斷過頭，偶爾也可能發生判斷失誤，若病理學診斷與臨牀不符，應及時與病理診斷醫師聯繫，以便複查。對於病情複雜的病例，可舉辦由臨牀、影象診斷和病理醫師共同參加的臨牀病理討論會，共同商討後妥善處理。
二、影響病理診斷的因素
正確和及時的病理診斷需要臨牀和病理工作者良好的合作。影響腫瘤病理診斷正確性的因素很多，如前所述，診斷質量明顯地取決於取材部位、腫瘤組織是否存活以及臨牀醫師的取材技術;病理方面主要問題是製片質量欠佳或偶然發生的污染，細胞和組織形態學的侷限性和相對性。病理診斷目前是腫瘤的最後診斷，主要依靠光鏡下觀察切片或塗片的組織結構、細胞形態和染色特點，結合臨牀和其他檢查結果。
病理形態千變萬化，同一腫瘤可出現不同的形態，此已成爲區分亞型的依據;不問腫瘤也可有相似的形態變化，導致鑑別診斷困難，有時甚至難以區分瘤樣病變或惡性腫瘤，須藉助於電鏡、免疫組織化學技術、自動圖象分析和流式細胞分析等新技術。
