兒童尖銳溼疣傳染途徑較成年人更爲複雜，可能是通過多種途徑傳染而引起。而且不同性別、不同年齡、不同部位的尖銳溼疣在很大程度上與不同的傳染途徑有關。
兒童尖銳溼疣的傳染途徑大多以非性接觸傳染途徑爲主要途徑，尤其是在嬰幼兒期，幾乎不可能有性接觸傳染途徑存在，這是與成年人主要是經性接觸傳染途徑的主要區別。但對年齡較大的兒童患尖銳溼疣則要考慮有性虐待等多方面因素。國外有學者認爲，當兒童被確診爲尖銳溼疣時，醫生應意識到存在性虐待的可能性。
1、非性接觸傳染途徑
前面已述HPV母嬰傳染途徑。歸納起來兒童尖銳溼疣非性接觸傳染途徑可能有：
①垂直傳染：即在妊娠期間孕婦HPV感染通過胎盤傳染給胎兒;
②宮內傳染：即胎兒通過吞飲含HPV的羊水而被傳染;
③產道傳染：即嬰幼兒經過有尖銳溼疣或HPV感染的產道時被傳染;
④接觸物傳染：即兒童在日常生活中與有尖銳溼疣的患者或HPV感染者如其父母、家庭中其他成員或保姆、幼教老師等的密切接觸而被傳染。這些接觸物可能是尖銳溼疣損害、病變分泌物以及被HPV污染的衣物、毛巾等;
⑤異體接種和/或自體接種傳染：即通過手接觸生殖器傳染，如當有尖銳溼疣的患者之手接觸尖銳溼疣損害或HPV污染的物品後再接觸正常兒童皮膚粘膜則引起異體間接種傳染，或有尖銳溼疣的患兒接觸疣體的手再接觸其自體正常皮膚粘膜而導致自體接種傳染。
Handley等報道42例兒童肛門生殖器尖銳溼疣患者中有12例（28.6%）是通過有HPV感染母親的產道傳染，3例（7.1%）爲自;體接種感染，27例（64.3%）傳染來源不明，但有20例其家庭成;員中有非生殖器疣或其他肛門生殖器感染存在或其母親有宮頸上皮內瘤。0balek等報道32例兒童尖銳溼疣中12例患兒的母親有外陰部尖銳溼疣，10例患兒的母親有宮頸部尖銳溼疣，10例患兒的父親有外生殖器疣。從國內報告的兒童尖銳溼疣來看，47例中21例患兒的母親或父親或其父母均有尖銳溼疣或尖銳溼疣病史，1例患兒是在尿道下裂手術後發生的，其餘的傳染來源不明。這些資料提示兒童尖銳溼疣非性接觸傳染途徑的存在，而且，患兒的父母及其家庭成員中有尖銳溼疣病史是兒童尖銳溼疣感染的主要因素。
2、性傳染途徑
多數學者認爲兒童雖然沒有性行爲，但也可能通過性暴力和/或性虐待感染HPV，繼而發生尖銳溼疣。也有少數學者認爲兒童尖銳溼疣、特別是年齡較大兒童的尖銳溼疣是由性亂引起的。 Raimer等估計在兒童尖銳溼疣中約40%-80%是遭受性虐待所引起的。有學者指出在判斷兒童因性虐待而發生尖銳溼疣的問題上要持謹慎態度，在排除其他途徑傳染可能性的同時，還需要具備確鑿的性虐待證據：如兒童有睡眠紊亂、恐懼、畏縮、過分服從、服從配合姿勢等異常行爲出現才提示有性虐待發生。在年齡上遭受性虐待而發生尖銳溼疣的年齡多在8-12歲，患兒年齡越小受性虐待的可能性越小。在性別上，受性虐待的女性兒童多於，男性兒童，有報告女男比例超過2：1，這可能是因爲女性兒童較男性兒童更容易遭受到性虐待的緣故。受性虐待而引起尖銳溼疣的兒童損害發生部位主要在肛門、尿道口、陰脣等部位。
Shehon等研究30例兒童尖銳溼疣患者的資料發現，有近1/3的患兒有性接觸史。Gibson等報告25例肛門外生殖器尖銳溼疣的兒童中10例疑爲性亂所引起。Derksen報告7例2-12歲兒童尖銳溼疣患者，其中6例損害發生於肛周，1例損害發生在陰脣部，並通過其病史和檢查確認有5例是通過性亂而引起的。Herman等報告12歲以下的11例女性兒童外生殖器疣患者中有9例爲尖銳溼疣（另2例爲尋常疣），通過病史及檢查證明均由性接觸傳染。在Obalek等的報告中1例11歲女性兒童有性亂史。這些資料表明年齡較大兒童發生尖銳溼疣可能通過性接觸傳染。但正如上所提出的在判定兒童由性接觸而引起的尖銳溼疣時應特別注意，除非有確鑿的證據表明，否則應多考慮其他傳染途徑。
