腦血栓形成的治療可以分爲3個階段：超早期（發病6小時內）、急性期（發病24小時內）、恢復期。
1 一般治療 保持呼吸道通暢;對於低血壓或腦低灌注者可考慮擴容治療，但應注意可能加重腦水腫、心功能衰竭等併發症;合理使用降壓藥，穩定血壓;保持營養和水電解質平衡;控制血糖;大面積腦梗死應控制腦水腫和顱內壓，防止腦疝發生;防治併發症。
2 特異性治療
2.1 溶栓 溶栓治療是目前國際公認的、最有效的再灌注治療。重組組織型纖溶酶原激活劑（rtPA）和尿激酶（UK）是我國目前使用的主要溶栓藥，目前認爲有效搶救半暗帶組織的時間窗爲4. 5小時內或6小時內。目前臨牀常採用靜脈溶栓及動脈溶栓兩種方法。隨着DWI/PWI不匹配理論的完善，溶栓時間窗有望突破6小時的侷限而實現溶栓個體化，使更多的腦梗死患者獲益。
2. 1. 1 靜脈溶栓方案 ①對發病4. 5小時內的腦血栓患者，應根據適應證嚴格篩選患者，儘快靜脈給予rtPA或尿激酶溶栓治療。使用方法： rtPA0. 9mg/kg（最大劑量爲90mg）靜脈滴注，其中10%在最初1分鐘內靜脈推注，其餘持續滴注1小時;尿激酶100萬~150萬IU，溶於生理鹽水100~200m，l持續靜脈滴注30分鐘，用藥前後嚴密監護患者，出現神智等病情加重情況隨時行頭顱CT以除外是否有腦出血情況。②對發病6小時內的腦血栓患者，在進行嚴格利弊評估後，也可酌情予靜脈溶栓治療。
2. 1. 2 動脈溶栓 對發病4. 5~6小時內的患者，動脈溶栓較靜脈溶栓也許更獲益。理論上講，動脈溶栓血管再通率高於靜脈溶栓，然而其益處可能被溶栓啓動時間的延遲所抵消。其適應證、禁忌證與靜脈溶栓相比，除溶栓時限有所區別，其餘一致。
2.2 抗血小板 ①對於不符合溶栓且無抗血小板禁忌證的患者，應在發病後儘早口服阿司匹林150~300mg/d，急性期後可改爲預防劑量（50~150mg/d）;②溶栓治療者，阿司匹林等抗血小板藥物應在溶栓24小時後開始使用。對不能耐受阿司匹林者，可考慮選用氯吡格雷（75mg/d）等抗血小板治療。
2.3 抗凝 對大多數急性缺血性腦卒中患者，不推薦無選擇地進行抗凝治療。對有高凝狀態、血栓形成或栓塞風險的患者，可予抗凝治療。溶栓後需抗凝治療的患者，應在24小時後使用。常用抗凝劑包括低分子肝素、華法林等。
2.4 降纖 對不適合溶栓並經過嚴格篩選的腦梗死患者，特別是高纖維蛋白血癥者可選用降纖治療。藥物有降纖酶、巴曲酶、安克洛酶;其他降纖製劑，如蚓激酶、蘄蛇酶等臨牀也有應用。
3 神經保護 有關神經保護劑的作用目前沒有明確的循證醫學證據。①鈣通道阻滯劑：尼莫地平等，用於解除腦血管痙攣;②興奮性氨基酸拮抗劑：NMDA受體拮抗劑，如MK-801等，基礎實驗有效;③NO相關毒性調節劑;④抗氧化劑和自由基清除劑：胞磷膽鹼、超氧化物歧化酶，維生素C、維生素E，甘露醇等尚未有循證醫學證據;⑤神經營養藥物：神經節苷脂、神經生長因子、小牛血去蛋白等有待深入研究。
4 外科治療和介入性治療 ①頸動脈內膜切除術（CEA）：對防治短暫性腦缺血發作已取得肯定療效。對於單側的重度頸動脈狹窄》70%，或經藥物治療無效者可考慮行CEA治療。不推薦對急性缺血性卒中患者進行24小時內的緊急CEA治療。②顱骨開窗減壓或切除部分壞死組織：對大面積腦梗死，該方法有可能挽救生命。③介入性治療：包括顱內外血管經皮腔內血管成形術（PTA）及血管內支架置入（CAS），或與溶栓治療結合。頸動脈狹窄》70%，患者有與狹窄相關的神經系統症狀，或頸動脈狹窄《70%，但有明顯與之相關的臨牀症狀者，可考慮行血管內介入治療術。
5 中醫治療
5.1 中藥 中成藥在我國廣泛用於治療缺血性腦卒中已有多年。根據中醫辨證論治可選用醒腦靜、血塞通、丹蔘、燈盞花素注射液等藥。
5.2 理療、針刺 可使腦卒中患者死亡或殘疾人數降低。
