肝切除術是目前肝癌治療最有效的根治性手段和首選方法。對於可一期切除的肝癌應及時行根治性切除。肝癌患者多伴肝硬化或慢性肝炎，不規則性局部根治性切除肝腫瘤可最大限度地保留正常肝組織，有利於術後恢復，提高肝癌切除率，降低手術死亡率，其遠期療效也與規則性切除相仿。對外科手術的指徵也不斷擴大，對於肝癌伴門靜脈癌栓或膽管內癌栓時，只要腫瘤可能切除，宜積極手術治療。
合併嚴重門靜脈高壓在肝癌切除的同時行脾臟切除和斷流術，也取得滿意的效果。對於經手術探查或影像學檢查證實腫瘤巨大或貼近大血管難以根治性切除者可採用非切除的姑息性外科治療(如肝動脈結紮加插管化療、術中冷凍或微波治療等局部治療)或非手術治療(以肝動脈化療栓塞爲首選)，待腫瘤體積明顯縮小後再行二期切除，使一部分肝癌由不可治轉變爲部分可治，其遠期療效優於一期姑息性切除。
而對於腫瘤較大(直徑大於8cm)及多個結節的肝癌，往往包膜已不完整，且多有肝內播散及門靜脈癌栓存在，一期切除多爲姑息性切除，常難徹底清除腫瘤，術後因肝切除的刺激又可能加速殘癌的播散和轉移。對於姑息性切除的患者，術後應積極抗腫瘤治療，控制腫瘤的生長，進一步延長患者帶瘤生存時間。
對於不能切除的患者，宜積極採取綜合治療。肝癌患者術後應予以綜合治療，預防肝癌的復發。爲減少切除術後復發，術中須重視無瘤原則，手術操作應仔細，避免局部過度擠壓，減少醫源性擴散，盡力保證足量切緣，徹底清除癌栓。
由於肝癌周邊肝組織多存在微小病竈及門靜脈癌栓，故局部切除切緣應距瘤體1.5cm以上。術後應定期複查，如有殘癌或復發應及時治療。術後可行肝動脈造影檢查及適量化療栓塞，以早期發現和治療殘餘病竈和轉移竈，未發現病竈者亦利於清除可能殘存的腫瘤細胞。對於切除術後復發的肝癌，凡有條件者應積極爭取再手術切除，而病竈較深、多發、肝功能差的患者可採用非手術治療。
肝移植適用於小肝癌合併嚴重肝硬化的患者，但靜脈癌栓、肝內播散或肝外器官轉移者應列爲禁忌。肝移植的遠期療效優於肝切除術。目前不宜作爲常規治療的選擇。
