氟羅沙星不良反應較多見，其發生率與劑量呈相關性。
1.消化系統：可有味覺異常、食慾減退、噁心、嘔吐、腹痛、腹脹、腹瀉及便祕等。偶見血清氨基轉移酶升高。
2.精神神經系統：可有頭昏、頭痛、失眠、眩暈、情緒不安、興奮等，可見抽搐、幻覺、幻視等，偶見嚴重失眠或幻視。
3.血液系統：偶可引起白細胞及血小板減少，嗜酸粒細胞和單核細胞增多。
4.過敏反應：可表現爲呼吸困難、心悸、水腫、皮疹、皮膚瘙癢、血管神經性水腫，偶可發生過敏性休克。
5.光敏反應：常見，且其發生率隨劑量增加而增高。應避免直接或間接暴露在陽光及紫外線下，夜間服用可減少光毒性。一旦發生過敏反應，應即停藥及進行相應處治。
6.其他：
偶見休克、間質性肺炎，低血糖反應。也可引起血肌酐及尿素氮增高。國外報道，一項多中心的臨牀研究中，1182例口服本品，其中發生不良反應53例，佔4.48%。
主要爲中樞神經系統(失眠、頭痛)反應21例，消化系統(腹部不適、嘔吐、噯氣)反應22例，過敏反應6例，其他反應較少見。在臨牀進行分化檢驗的836例中，有12例異常，包括ALT、AST升高6例，嗜酸粒細胞升高2例，尿素氮和肌酐升高各1例。
另一報道，應用氟羅沙星治療婦產科感染患者114例，其中發生不良反應者有4例，約佔3.5%，包括胃腸道反應，腹瀉各1例，AST、ALT升高各1例。
