目前真正具有較好抗病毒療效的藥物屈指可數。當今國際醫學界公認的抗乙肝病毒的藥物有a干擾素、核苷類似物。
a干擾素
主要針對血清HBeAg陽性、ALT升高正常值2倍以上的慢性乙肝患者。HBeAg陰性及HBV攜帶者不宜使用干擾素。干擾素抗乙肝病毒的主要機理爲誘導感染細胞產生抗病毒蛋白，並能使正常細胞形成抗病毒狀態，同時刺激肝細胞膜表達HLAI類抗原遞呈病毒抗原，激活CTL清除病毒。20-40%的患者干擾素治療有效。
核苷類似物
代表性藥物有拉米夫定、阿德福韋，適應症是血清ALT明顯升高、HBV-DNA陽性病人，不管其HBeAg是陽性還是陰性均可以使用。作用機制爲抑制病毒DNA多聚酶和逆轉錄酶活性，並對病毒DNA鏈的合成和延長有競爭性抑制作用。拉米夫定可迅速有效降低血清HBVDNA水平，但是停藥後複發率高，長期應用可導致病毒發生變異而出現耐藥現象。阿德福韋可以對拉米夫定耐藥的病人發揮療效。
此外，抗病毒藥物都有一定的不良反應，有的患者會出現發熱、頭痛、禿髮、抑鬱、白細胞下降、食慾下降等，所以在應用抗病毒藥物進行治療的過程當中，一定要按醫生要求定期到醫院檢查肝功能，密切監測可能發生的不良反應，便於及時發現和處理，以免導致嚴重後果。
例如應用干擾素的病人應定期進行血常規的檢查，以防止出現嚴重的骨髓抑制，WBC<3000需要停藥觀察;長期應用拉米夫定的病人，體內的乙肝病毒會發生變異(YMDD變異)，這種變異會導致乙肝病毒對拉米夫定的耐藥，少數病人還會出現病情的波動或加重，早期發現YMDD變異對於治療方案的調整有決定性的意義。
有的病人因爲害怕上醫院就診，自行在藥店買藥“自治”，以爲可暫時代替正在服用的抗病毒藥物，這種做法也是錯誤的。對於乙肝病人而言，求助於正規醫院專科醫生纔是就診的“正道”。
醫生會通過各種必要的檢查瞭解肝臟情況，針對不同病情、不同階段，採用不同的綜合治療措施。此外，在正規醫院專科醫生處就診還能避免誤用假冒僞劣的抗病毒藥物。
