早在古代藥學文獻《神農本草經》就已經明確指出：是藥三分毒，並將中藥分爲大毒、常毒、小毒、無毒。由於中草藥來源於大自然，一般認爲其毒副作用較小，往往容易被忽視。其實，它與西藥一樣，既能治病也能致病。
副作用是在治療劑量下，伴隨藥物療效而發生的一些與防治目的無關的意外有害作用。例如：柏子仁被用來養心安神時，其潤腸滑便就成爲致瀉的副作用；不當服用人蔘，可引起燥熱上火，心律不齊，或發生“人蔘綜合徵”；
甘草藥性平和，止咳瀉火，久服影響脾胃有礙消化；木通用量過大，可使腎臟損傷；苦寒的龍膽草可引起胃痛腹瀉……一般來講，任何藥物都有副作用，只是強弱不同、快慢不同而已。
毒性反應是指藥物引起的生理生化機能異常和病理改變，甚至危及生命。目前已發現能夠致死的中藥達20多種，如專治類風溼性關節炎的雷公藤、驅蛔蟲藥苦楝子、熄風止痙的蜈蚣等。有些藥物含有劇毒，如植物藥生附子、生半夏、馬錢子、生草烏、巴豆等，礦物藥水銀、砒石、砒霜等，動物藥斑蝥、蠍子、白花蛇等。
毒性反應可在體內各系統發生。在消化系統表現爲噁心、嘔吐、腹瀉、便血等；神經系統表現爲眩暈、頭痛、驚厥、抽搐、呼吸抑制等；心血管系統表現爲心悸、胸悶、心律不齊、心率增快或減慢等；造血系統表現爲顆粒性白細胞缺乏症、溶血性貧血、血小板減少性紫癜以及再生障礙性貧血等；呼吸系統、泌尿系統等都可因毒性反應而發生病變。
