中醫認爲，黃連素性涼，能清除邪熱或虛熱，清除有害毒物，自古以來就是中醫手中的一味清熱解毒良藥。通常每次口服0.1~0.5克，每日三次。黃連素又稱小櫱鹼，藥理研究表明，其對痢疾桿菌、肺炎雙球菌、金黃色葡萄球菌、傷寒桿菌及阿米巴原蟲有抑制作用，多用於治療急性腸炎、胃腸炎、細菌性痢疾等，經臨牀觀察發現，其也有許多新用途。
複發性口腔潰瘍：漱口後將黃連素敷在潰瘍面上，每日3～4次，療程不超過4日；或取黃連素片3克、冰片1克，共研細末，與豬膽汁調勻，每次漱口後外搽患處，早、晚各1次。
小兒痄腮：黃連素5片，研爲細末，加大黃末10克，調勻，清水適量調爲稀糊狀外敷雙足心涌泉穴，每日換藥1～2次，連用3～5天。
小兒痱瘡：黃連素片1克，溶入300毫升溫水中洗浴，每日早晚各1次，連用3～5天。
嬰兒溼疹：用黃連素10片、青黛10克、枯礬10克、冰片3.5克、強的鬆150毫克，共研細末，加雪花膏拌勻製成100克備用。使用時外搽，每天2～3次。
治小兒癤腫：黃連素5片，研爲細末，加大黃末、蒲黃末、水飛硫磺各5克，調勻，用清水調爲稀糊狀，外塗患處，每日3～5次。
化膿性中耳炎：用黃連素配成的滴耳液，加0.2毫升消痔靈注射液混勻滴耳，每日5～6次，連用5～7天。
褥瘡：創面周圍皮膚常規消毒，無菌生理鹽水沖洗創面後拭乾。將無糖衣的黃連素片研成粉末，加鹽酸環丙沙星注射液調成軟膏狀(用量每平方釐米創面用黃連素0.1克、鹽酸環丙沙星注射液0.5毫升)，常規消毒創面周圍皮膚，用生理鹽水清洗創面，去除創面壞死組織，擦乾，每日兩次；滲出物多時，夜間加1次。創面可用無菌紗布覆蓋。保持創面乾燥，避免大小便污染。7天爲1療程。
小兒膿皰瘡：取黃連素10片，溶於200毫升開水中，較大的膿皰可用注射器抽液，去掉表皮，再用黃連素溶液洗患處，每日2次，然後用黃連素溶液溼敷，每日2～3次，連用2～3天。
潰瘍性結腸炎：將黃連素研爲細末，用蒸餾水製成0.2%的水溶液，每次取100毫升加錫類散0.6克，加溫至38℃，保留灌腸2小時以上，每晚1次，14日爲1療程，連用1～2個療程。
