目前西醫治療子宮內膜異位症多采用保守治療和手術治療兩種方法：
1、保守治療多采用假孕或假絕經療法，如達哪唑和三苯氧胺、內美通、普維拉等，人爲的造成月經停止來潮形成假孕狀態，不來月經就沒有痛經，但該類藥副作用較大，並對肝腎有一定的損害，一些病人當病尚未治癒但由於副作用，只得停藥，停藥後月經仍會來潮，病情一般會繼續發展。
2、手術治療分兩種：
（1）根治性手術，即將兩側卵巢和子宮全部切除，這對年輕和未生育的婦女是極其殘酷的，所引起的併發症、後遺症給患者身心造成一定的痛苦，術後會發生絕經期綜合症。
（2）保守性手術，將病變部位局部切除、剝離、剔除，但由於該病粘連很重，往往手術不徹底，如已經異位到骶韌帶，侵潤到直腸的異位病竈電灼後，複發率高。腹腔鏡即是一種診斷方法，又可以進行治療，但術後復發機會較多，目前西醫對該病確診較容易，但治療上也很棘手。
