臨牀一般從以下幾型進行辨證施治：
（1）肝鬱氣滯：精神抑鬱、心情沉悶、多愁善慮、情志不暢;肝主疏泄，肝氣鬱結，肝之功能失常，肝鬱則氣滯，氣滯致血瘀而發痛經、癥瘕;氣血不和而致月經失調、不孕等。情志因素能影響下丘腦一垂體一卵巢軸的變化而致神經內分泌改變，如果腹腔液中孕激素水平下降，不能抑制有活性的子宮內膜，使子宮內膜易種植於盆腔而發生內異症。臨牀主證：下腹脹痛經行痛劇、痛引腰骶、痛甚昏厥、腹痛拒按，性交疼痛，胸脅作脹、乳房脹痛，經行淋漓、經色紫黯，夾有血塊，婚後不孕，舌苔薄質紫、邊尖有瘀點，脈弦。
治則：理氣活血、散結止痛。方藥：血府逐瘀湯（《醫林改錯》）加減，
藥用：當歸、川芎、赤芍、生地黃、枳殼、柴胡、桃仁、紅花、牛膝、香附等。若經行不暢加益母草、失笑散;陰部墜脹加川楝子、柴胡;經行發熱加紅藤、大黃;乳房脹痛加橘葉、橘核;經行淋漓加蒲黃、炒地榆。
（2）寒溼凝滯：經行、分娩或產後受寒，或久臥溼地，寒溼之邪客於衝任胞脈，血行不暢則痛經或瘕瘕;素體虛弱，臟腑功能減退，陽氣不振，衝任之脈失於溫煦，血失固攝，血不循經而致月經不調或癥瘕。
目前研究發現，臟腑功能低下，易導致免疫功能異常。免疫系統調節失控，由免疫細胞分泌的一系列細胞因子、炎症介質等參與，促進異位內膜進一步生長和增殖而發生內異症。
臨牀主證：經常下腹冷痛、隱痛、得熱則舒、經行腹痛加劇，畏寒肢冷，腰膝冷痛，頭昏頭痛，白帶較多，月經不調，大便溏薄，婚後不孕，舌邊紫黯、苔薄白，脈細緊。治則：溫經通絡、活血化瘀。方藥：溫經湯（《金匱要略》）加減，藥用：當歸、川芎、白芍、桂枝、人蔘、生薑、丹皮、甘草等。若下腹冷痛加艾葉、紫石英;小腹下墜加黃芪、升麻;大便溏薄加炒扁豆、肉豆蔻;帶下增多加芡實、雞冠花。
（3）腎虛瘀阻：房事不節或產育過多傷及腎氣，致衝任損傷;因腎藏精，腎虧則精少，胞脈失於濡養，衝任氣血不足，使氣血運行不暢，滯而瘀阻。腎虧衝任損傷者易致免疫功能異常而發生內異症;腎虧瘀阻者易導致內分泌紊亂，排卵障礙，發生未破卵泡黃素化綜合徵，內異症屬腎虧瘀阻型致不孕患者中79%是LUFS者。
臨牀主證：經常腰痠，頭暈耳鳴，經行腹痛、痛引腰骶，肛門墜脹，平時少腹隱痛或不痛，月經先後不定期，經行量多、經色黯紅，眼眶發黑，神疲乏力，孕後流產，繼發不孕，舌苔薄質黯，脈細。治則：活血化瘀、補腎調經。方藥：內異消（經驗方）加減，藥用：三棱、莪術、淫羊藿、肉蓯蓉、菟絲子、穿山甲、水蛭等。若月經量多加阿膠、崗稔根;頭暈耳鳴加女貞子、墨旱蓮;繼發不孕加仙茅、胡蘆巴;神疲乏力加黨蔘、黃芪。
（4）瘀熱內阻：素爲內熱之體，或經行、產後復感熱邪，或情志過極化火，或過食辛辣燥熱之品，或瘀血曰久滯而化熱，邪熱阻內傷及衝任，氣血不暢致內異症。
臨牀主證：下腹疼痛、腹部有灼熱感，常有低熱或經行發熱，大便乾結，口渴或口乾不欲飲，月經提前、經色紅夾血塊，帶下色黃，舌質紅、苔薄黃，脈細數。治則：活血化瘀、清熱散結。方藥：清熱調血湯（《古今醫鑑》）加減，藥用：黃連、生地黃、丹皮、桃仁、紅花、丹蔘、香附、莪術、延胡索等。若伴低熱加地骨皮、青蒿;心煩易怒加鬱金、川楝子;月經先期加黃芩、黃柏;溼熱重加土茯苓、萆薜;月經過多加炒槐花、陳棕炭。
（5）痰熱互結：瘀阻可因氣滯而引起，如果肝氣失調、肝旺克脾，脾虛易致痰溼內生，痰溼內阻，影響腎之氣化，使水溼停聚，氣血津液運行失常，痰瘀互結而致內異症。
臨牀主證：月經量多或少，經期延長，肛門墜脹，性交疼痛，腰尻痠痛、經行加劇，胸悶不舒，喉中痰結，形體肥胖，嗜睡乏力，平時帶多，婚後不孕，舌黯、舌尖有瘀點，苔白膩或厚膩，脈細濡。治則：軟堅化痰、活血止痛。
方藥：血竭散（《增效產乳備要》）加消瘰丸（《醫學心悟》）加減，
藥用：血竭、沒藥、丹蔘、赤芍、山慈姑、薏苡仁、竹茹、象貝母等。若月經不調加當歸、川芎;胸悶不舒加全瓜蔞、枳殼;痰溼重加蒼朮、石菖蒲;瘀阻重加蟄蟲、夏枯草;有包塊者加水蛭、莪術。
