1、藥理作用拮抗：
有的醫師對藥物作用機制瞭解不深，造成不合理用藥。如嗎丁啉與易蒙停聯用，前者爲外周多巴胺受體阻滯劑，直接作用於胃腸壁，增強胃蠕動，促進胃排空;而後者作用於腸壁的阿片受體，阻止乙酰膽鹼和前列腺素的釋放，從而抑制腸蠕動。後者的抗膽鹼作用會對抗前者增強胃蠕動的作用，故兩藥不宜聯用。再如M膽鹼受體阻斷藥與多巴胺受體拮抗劑聯用，前者能鬆弛胃腸道平滑肌，延長胃排空時間;而後者能促進胃腸蠕動，加速胃排空。兩藥作用相互拮抗，故不可合用。
2、理化配伍禁忌：
藥物與藥物的理化性質各有不同，配伍後會影響藥物的穩定性及療效。如H2受體拮抗劑與碳酸鋁鎂、氫氧化鋁或含氫氧化鋁的威地美、胃樂、胃舒平、硫糖鋁合用時，由於H2受體拮抗劑的化學結構與組胺相似，通過選擇性阻斷外源性或內源性組胺作用於胃腺體壁細胞的H2受體;而抑制胃酸分泌的碳酸鋁鎂或氫氧化鋁等的作用機制爲中和胃酸，並在潰瘍表面形成凝酸性保護膜，起到機械保護作用。兩藥聯用後，後者使前者吸收減少20%～30%，使H2受體拮抗劑的血藥濃度下降而降低療效。
3、重複用藥：
對藥物的作用機理了解不夠，造成重複用藥。如同時使用胃復安和嗎丁啉，這兩種藥物同屬於多巴胺受體拮抗劑，作用基本相似，屬重複用藥。而且兩者均能刺激催乳素分泌，合用可加重不良反應。對多名稱藥物混淆，特別是對同一化學名而商品名稱不同的藥物不甚瞭解，造成重複用藥的現象也時有發生。如同時使用得樂和德諾，其實兩藥均爲膠態次枸櫞酸鉍，只是商品名不同。
4、劑量過大：
任何藥物都具有一定的毒副作用，因此臨牀醫師在治療過程中不僅應注意藥物的治療作用，而且也應注意藥物的毒副作用。如雷尼替丁0.15克或0.3克，每日3次，爲不合理用藥。因爲雷尼替丁的作用比胃黏膜保護藥強5～8倍，1次口服可維持12小時藥效，無須每日3次給藥。劑量過大不僅不能增加療效，反而會出現藥物的不良事件（它與藥物本身無關，是由人爲因素而造成的）。如患者出現頭昏、脫髮、過敏性哮喘、精神異常、泌乳、急性腎炎、肝功能損害、血小板減少等等，都是沒有嚴格按照藥品說明書使用所致。
5、療效降低：
（1）抗膽鹼藥與紅黴素合用：
由於抗膽鹼藥能鬆弛胃腸道平滑肌，延長胃排空時間，而紅黴素在胃酸影響下易分解失效，兩藥合用，前者延長了紅黴素在胃內的停留時間，降低了抗菌效果。
（2）黏膜保護藥與抗酸劑、中和胃酸或減少胃酸分泌的藥物合用：
黏膜保護藥的作用方式獨特，既不中和胃酸，也不抑制胃酸的分泌，而是在胃液pH條件下在潰瘍面形成一層保護膜，隔絕胃酸、胃蛋白酶及食物對潰瘍黏膜的侵蝕，使潰瘍組織修復、再生而癒合。抗酸劑、中和胃酸的藥物（如氫氧化鋁或含氫氧化鋁的威地美、胃樂、胃舒平、硫糖鋁等）或減少胃酸分泌的藥物（如H2受體拮抗劑雷尼替丁），均可干擾黏膜保護藥的作用，故不宜同時服用。
（3）H2受體阻斷藥與多巴胺受體拮抗劑合用：
多巴胺受體拮抗劑能促進胃腸蠕動，改變胃排空速度，使藥物在腸內通過較快，致使吸收時間縮短，使H2受體阻斷藥吸收減少，並縮短血藥濃度峯值的到達時間，故兩藥不宜同時服用。
