一是通過血液檢測，反映病毒是否存在、是否處於複製期、是否有傳染性等等;二是通過肝組織學檢查，瞭解肝臟內部是否存在病毒？病毒是否處於複製階段？肝臟受損的程度如何？
血液檢查如出現問題，可以間接證實、反映肝臟情況。但是，血液檢查沒有問題，不能說明肝臟內部也沒有問題，肝臟內部仍有可能潛伏有許多複製狀態的乙肝病毒。由於目前絕大多數的患者只能通過血液檢查推斷病情如何，所以結論也只能是相對正確的。要想真正瞭解肝臟的實際情況，需反覆進行肝穿刺，取活組織檢查。這在理論上可行，但在實際臨牀工作中卻很難做到。通過血液瞭解乙肝病毒的具體方法是進行乙肝病毒多項指標檢查（如乙肝病毒“兩對半”、乙肝病毒脫氧核糖核酸等），所謂轉陰治療也就是隻讓這些病毒指標轉陰。過去認爲這些指標陰轉了，病情自然也就好轉了。現在看起來，這些認識是過時的，甚至是錯誤的。現在發現：人體血液中的乙肝病毒變化形式實際是極其複雜的，決不能用一元化解釋。那麼，該如何判斷、分析病毒指標陰轉究竟是好還是不好呢？
帶來積極作用、好轉性質的陰轉。有的患者通過藥物治療或其它方式等，出現乙肝病毒指標的陰轉。最常見的是“大三陽”轉爲“小三陽”或是“小二陽”（即表面抗原和核心抗體陽性），有時甚至於轉爲e抗體和核心抗體陽性，這種情況多見於急性乙肝恢復後，慢性乙肝病毒攜帶者的自愈和自限，一部分患者經治療後發生的積極反應。其特點是隨着乙肝病毒指標的陰轉，患者症狀（食慾不振、疲乏、肝區不適、腹脹等）及體徵明顯好轉，肝功恢復正常並長期保持穩定，乙肝病毒主要複製指標（e抗原、HBVDNA）持續陰性。
帶來消極作用、惡化性質的陰轉。有的患者反覆用藥治療，有的患者未經特殊治療，也會出現乙肝病毒指標的陰轉，最常見的是“大三陽”轉爲“小三陽”或是“小二陽”，有時甚至於轉爲e抗體和核心抗體陽性。病毒指標雖然轉陰了，病情卻越來越嚴重。如果遇到這種情況，說明上述病毒陰轉帶來了不良的後果，這些陰轉大都是病毒變異造成的。病毒變異本身說明病毒是一種適應性極強的、生命力頑強的生物體，它並非那麼容易被消滅。患者可出現表面抗原檢查陰性，這在過去看來，是乙肝根本治癒的標誌。而實際不然，它不僅導致醫生的誤判，還是導致乙肝疫苗接種失敗的原因。因此，乙肝的抗病毒治療是治療的關鍵所在，但是從目前看，尚無絕對有效的藥物問世。乙肝的治療仍然提倡保肝、提高免疫、抗纖維化及抗病毒等項綜合治療，單打一的治療往往難以奏效，治療過程中不必一味要求病毒指標陰轉，而應首先強調肝功能長期正常及穩定。
