乙肝的發病機理是個比較複雜的問題，國外有不少的專家對此進行了研究，結果表明乙肝患者的肝臟損害並不是乙肝病毒在細胞內繁殖的直接結果，而是機體的免疫反應造成的。
肝病專家解釋說：人一旦感染上乙肝病毒後，可激發機體產生對乙肝病毒的各種細胞免疫反應和體液免疫反應，還會激發自身免疫反應引起免疫調節功能紊亂。
機體的這些免疫反應，可清除已感染病毒的肝細胞，又可引起肝細胞的損傷，造成不同類型的病理變化及臨牀轉歸。幼兒時感染HBV常常因免疫功能不健全，而缺乏上述的免疫反應，造成乙肝病毒攜帶者狀態或慢性肝炎。成年感染乙肝病毒的多數患者病毒是可以通過上述免疫反應，引起急性肝炎的症狀，同時清除乙肝病毒的。
乙肝治療效果不佳的主要原因是誤治、亂治、失治，具體說來有以下7點：
1.治療對象選擇不合適。許多患者不屬於抗病毒治療的範圍，如慢性病毒攜帶者、中晚期的肝硬化患者等，但他們卻硬性使用干擾素等抗病毒藥物治療。結果非但難以取得療效，反而容易造成不良反應。
2.用藥方案不正確。一些患者雖然屬於抗病毒治療的範圍，但是所選用的抗病毒治療藥物及其劑量、療程卻不正確，臨牀上也難以奏效。#p#副標題#e#
3.濫用或亂用藥物。有的患者四處求醫，今天用西藥，明天用中藥；名目繁多的虛假肝病廣告更讓廣大患者無所適從。大部分乙肝廣告用藥都存在着虛假和欺騙，療效包羅萬象，神乎其神，誘使患者上鉤，騙錢斂財。濫用或亂用這些廣告藥物，只能使乙肝患者雪上加霜，後果更慘。
4.不該治療的也拼命治療。我國乙肝感染者雖多，但絕大多數爲慢性乙肝病毒攜帶者，他們大都沒有特殊不適，肝功正常，乙肝病毒複製指標陰性，這些人羣不宜用藥治療，無論怎樣用藥，也難改表面抗原陽性這一結果。這些人羣仍可視爲正常人，可以從事正常的工作和學習。遺憾的是很多這樣的人都在嘗試着各種治療，力圖使表面抗原轉陰，以徹底改變表面抗原陽性帶來的不利影響。
5.治療目標定位偏差。目前乙肝治療的最佳目標和結果是：肝功能長期穩定、正常，病毒複製指標保持陰性。治療目標不宜定得過高，不可一味追求表面抗原陰轉，或是所謂的“三陽”全部陰轉，這些是絕對不可能的。可是不少乙肝患者甚至乙肝病毒攜帶者，都在爲此虛無縹緲的目標花錢治療，這就難怪治來治去也達不到目標了。
6.失去最佳治療時機。治療乙肝的最佳時機是轉氨酶輕度升高、乙肝病毒複製指標呈陽性的患者，病程越短，治療效果越好。有的患者得了乙肝，不及時治療，依然喝酒，不注意休息，病情進入肝硬化階段才着急治療，治療效果自然較差。
7.心理狀態和心理調控失衡。得了乙肝，每天焦慮不安、驚慌失措，生活和工作質量下降，天長日久，自身免疫功能紊亂，反而加劇了病情。
專家提醒肝病患者，治療肝病一定要去大型專業醫院，及時接受專業治療，這樣纔不會耽誤病情，肝病治療不同其他疾病治療，切勿有病亂投醫，治療不當可能導致病情惡化。
