在小三陽患者中，確實有很多人病情很穩定，傳染性很小，肝臟功能也沒有問題。但也有很多患者血液中丙氨酸轉氨酶異常升高，顯示肝臟功能受到損傷。而且，這些病人身上的病毒還在繼續複製、繁殖，肝炎也會持續惡化，不進行治療而病情自己緩解的病人也很少見，而且往往迅速造成嚴重肝臟損害。
惡性小三陽的特點是：病毒不停地繁殖，或斷斷續續繁殖但不會長期停止、嚴重的肝臟壞死性炎症和進行性纖維化，很多患者發展成肝硬化以及肝癌，研究顯示，大約有40%的病人都有肝硬化出現。
令人擔心的是，這種肝炎病人爲數不少。不但在全世界都有，而且比以往人們認爲的更加常見。在地中海地區和東南亞地區，50-80%的慢性乙肝肝炎病人便屬這類型，即e抗原陰性慢性乙肝肝炎。
香港的研究也發現所謂小三陽病者中17%有慢性乙肝;他們血裏的病毒數量和大三陽病人沒有什麼差別。即使是丙氨酸轉氨酶水平正常的病人，也大約有10%還是會有間歇性的乙肝病毒複製及肝功能異常，說明他們也不可掉以輕心。
是什麼原因導致了惡性小三陽呢？大多數情況下是由於乙肝病毒基因突變，抑制了e抗原的合成，所以我們查不到e抗原，但病毒卻是很厲害的。大部分e抗原陰性、e抗體陽性和乙肝病毒DNA陽性的乙肝病人體內都存在有乙肝病毒的核前或核突變種（核部分有e抗原的密碼）。
