1.心絞痛：
冠心病心絞痛患者以中、老年男性居多，多數有冠心病發生的危險因素，例如高血壓、高膽固醇血癥、糖尿病、吸菸史。心絞痛常發生在體力活動、運動或情緒激動過程時，疼痛部位較固定，多爲胸骨後，持續時間一般不超過3～5分鐘，含服硝酸甘油可緩解疼痛。如果僅從症狀表現難以鑑別時，可作運動心電圖、核素心肌顯像檢查，必要時做冠狀動脈造影。
2.甲狀腺功能亢進症：
典型表現有甲狀腺腫大、頸部血管雜音、雙手細顫動、突眼、怕熱與消瘦等，鑑別不困難。不典型表現時與心臟神經官能症較難區別，測定血清T3、T4可做出診斷。
3.心肌炎：
通常在起病前1～2周有明確感染（病毒或細菌）病史，典型表現有心臟擴大、心音減弱、奔馬律、心電圖P-R間期延長，各種類型心律失常等。不典型或輕症者較難鑑別。病原學檢查，例如血清病毒中和抗體滴定度，有輔助診斷價值。
4.二尖瓣脫垂綜合徵：
二尖瓣脫垂可以有很多症狀酷似心臟神經官能症，而且在以往被診斷爲心臟神經官能症的患者中有一小部分是二尖瓣脫垂而被誤診。仔細聽診在二尖瓣脫垂常可聽到收縮期喀喇音和收縮期雜音，而超聲心動圖檢查常可做出確切的診斷。
5.嗜鉻細胞瘤：
一般有特徵性的體徵或實驗室檢查指標，鑑別並不困難
