直腸脫垂有很多治療方法，應按年齡、脫垂種類和全身情況選擇不同治療。每一種手術均有其優缺點及複發率，沒有任何一種手術方法可用於所有需手術的病人，有時對同一患者需用幾種手術方法。如Goligher對152例完全性直腸脫垂使用了10種(153次)手術方法;上海長海醫院78例直腸脫垂在1981年以前也用了11種治療方法。不論採用何種手術，術後都應儘可能去除引起直腸脫垂的各種因素，使手術固定的直腸及乙狀結腸與周圍組織產生牢固的粘連。
兒童和老年不完全和完全肛管直腸脫垂都應先用非手術療法，如不見效，可採用直腸內粘膜下注射療法，很少需要腹內手術。成人不完全脫垂可用注射療法、粘膜縱切橫縫術。成年人完全脫垂以腹內直腸固定或懸吊術安全，併發症、發病率及死亡率都較低，效果良好。乙狀結腸和直腸部分切除術效果也較好，但術後併發症較多。不能復回的脫垂或有腸壞死的可經會陰行直腸乙狀結腸部分切除術。
