雖然自閉症的病因還不完全清楚，但目前的研究表明，某些危險因素可能同自閉症的發病相關。引起自閉症的危險因素可以歸納爲：遺傳、感染與免疫和孕期理化因子刺激。
引發自閉症的3大主因
1、遺傳因素
雙生子研究顯示，自閉症在單卵雙生子中的共患病率高達61%～90%，而異卵雙生子則未見明顯的共患病情況。在兄弟姊妹之間的再患病率，估計在4.5%左右。這些現象提示自閉症存在遺傳傾向性。
研究顯示，某些染色體異常可能會導致自閉症的發生。目前已知的相關染色體有7q、22q13、2q37、18q、Xp；某些性染色體異常也會出現自閉症的表現。如47、XYY以及45、X/46、XY嵌合體等。較常見的表現出自閉症症狀的染色體病有4種：脆性X染色體綜合徵、結節性硬化症、15q雙倍體和苯丙酮尿症。
每年均有新的關於自閉症候選基因的報道。近年來新報道的自閉症候選基因有clock，PRKCBl、CNTN4，CNTCAP2、immune gene、STK39、MAOA、CSMD3、DRD1、neurexinl、SLC25A12、JARDlC、Pax6。另有研究報道，在漢族自閉症患者中，NRP2基因存在遺傳多態性。
繁多的候選基因提示了自閉症是一種多基因遺傳病，即自閉症可能是在一定的遺傳傾向性下，由環境致病因子誘發的疾病。
2、孕期理化因子刺激
受孕早期孕婦若有反應停和丙戊酸鹽類抗癲癇類藥物的用藥史以及酗酒等，可導致子代患自閉症的機率增加。根據這些研究，對懷孕12.5d的大鼠一次性高劑量腹腔注射丙戊酸鈉，其子代鼠表現出類似自閉症的行爲學表現。還有研究發現，孕期大鼠暴露於反覆冷凍刺激中，也會增加子代患自閉症的機率；對孕鼠進行反覆冷凍刺激，其子代也表現出自閉症的行爲學特徵。
3、感染與免疫因素
早在20世紀70年代末就有研究發現，孕婦患病毒感染後，其子代患自閉症的機率增大。後來數個研究均提示，孕期感染與自閉症發生可能有一定的關係。目前已知的相關病原體有：風疹病毒、鉅細胞病毒、水痘——帶狀皰疹病毒、單純皰疹病毒、梅毒螺旋體和弓形蟲等。目前推測，這些病原體產生的抗體，由胎盤進入胎兒體內，與胎兒正在發育的神經系統發生交叉免疫反應，干擾了神經系統的正常發育，從而導致了自閉症的發生。
如何預防寶寶自閉症
1、別把孩子過分封閉於一味學習的小圈內。 城市居住的現代化使許多人搬進了高樓，而一戶一門的高樓容易給孩子造成封閉的環境。因此，應允許或鼓勵孩子從高樓走下來到社區之中，與鄰居或附近小朋友玩耍、交往，建立友誼。
2、注重情商的培育 ，情商即社會適應的綜合能力。孩子僅僅是學習成績優良是不夠的，還須懂得接受別人並讓別人接受自己，這也是愛的基本涵義。在培育孩子良好品德的同時，要教導孩子形成好的性情和情感。
3、儘量讓孩子參加集體活動，集體活動包括鄰居小朋友相邀的遊戲，包括學校、班級統一組織的文體活動;包括祝賀同學生日、歡送老師等等。從集體活動中體驗友誼、智慧與溫暖。
4、爲孩子的交友創造條件，不僅應允許孩子走下高樓、走出家門，也應允許孩子把小朋友請進家門。爲孩子提供交朋友的機會，教給他（她）交朋友的藝術、方法與技巧。
5、培育孩子的自立能力，切忌父母事事包辦，讓孩子學會自己的事情自己做，而且有意讓孩子碰碰釘子，嚐嚐苦頭。以磨練孩子的意志力。
