原發性甲狀腺功能減退症(甲減)是最常見類型，大概是自身免疫性疾病，通常發生是由於橋本甲狀腺炎，常常伴有堅實的甲狀腺腫大，過後，隨着病程發展，出現縮小的纖維性甲狀腺，無或很少有功能。第二個多見類型是治療後甲減，尤其因甲亢進行放射性碘和外科治療。丙硫氧嘧啶，他巴唑和碘過度治療甲減，終止治療後往往恢復。輕度甲狀腺功能減退常見於老年婦女。
大多數伴有非橋本甲狀腺腫病人甲狀腺功能正常或有甲亢，但甲狀腺腫大甲減可發生於地方性甲狀腺腫病人。缺碘會減少甲狀腺激素合成;TSH釋放，在TSH興奮下甲狀腺增大，吸碘明顯增加，隨至甲狀腺腫大。如嚴重缺碘，病人會變成甲減，但自出現碘鹽，這種病在美國實際已消滅。地方性克汀病是缺碘地區先天性甲減最通常原因和全世界精神障礙的主要病因。
繼發性甲減發生於當下丘腦TRH分泌缺乏，下丘腦垂體軸衰竭或垂體缺乏TSH分泌時。
