很多患者對肛瘻的危害很不瞭解，以致得了肛瘻後仍抱有僥倖心理，認爲肛瘻自己會好或者抹點藥膏就好了。但是北京肛腸醫院專家表示，肛瘻不治會引發肛門瘙癢，導致肛門失禁，少數患者還有癌變的風險。
1、瘻口、瘻管增加：肛腸治療專家講，肛瘻的多次反覆發作，膿液可穿破管壁順括約肌間隙蔓延而成多發性、複雜性肛瘻，不但給治療帶來困難，而且也影響到肛門的生理功能。
2、癌變危險：肛瘻的多發性，可形成直腸陰道瘻、直腸尿道瘻和直腸膀胱瘻，危及周圍臟器，並且多年未治或誤治的老肛瘻有癌變的可能。
3、肛門失禁：任由肛瘻發展，可對括約肌造成嚴重損傷，甚至可能造成肛門失禁等併發症。
4、感染流膿：肛瘻一旦形成，自愈的機會極少，並帶來一系列的危害。首先肛瘻感染髮炎後，肛門疼痛劇烈，潰破後膿水污染內褲，膿汁刺激局部皮膚，肛門瘙癢劇烈。久而久之可使身體虛弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，發作亦越頻繁，形成互爲因果。
