關於嬰幼兒患肛瘻的病因，目前尚不完全清楚，可能與下列因素有關：
①小兒骶骨曲尚未形成，兩側坐骨結節距離較近，加上肛門內括約肌緊張度較弱，因此糞便容易直接壓迫肛管齒線處，肛竇粘膜易損傷、擦破，導致細菌入侵。
②小兒常因尿布皮炎，刺激肛周皮膚，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，形成肛周皮下膿腫與肛竇相通而形成肛瘻。
③新生兒，尤其是男孩受母體激素失調的影響，使皮脂腺分泌亢進，易引起肛門皮脂腺炎，感染後成肛周膿腫與肛竇相通。
④新生兒免疫功能不全，如新生兒生理性缺乏免疫球蛋白G（IgG）、免疫球蛋白A（IgA）等，因此容易發生肛周感染，形成肛瘻。
據國內外統計，嬰幼兒肛瘻在出生後6個月以內發病者佔小兒肛瘻的2/3;在生後3個月內發病率最高，其中生後1個月內發病者爲最多見。男性多於女性，男性佔80%—90%，嬰幼兒肛瘻發病部位多在肛門兩側，瘻管多呈淺在、單純、垂直。複雜而瘻深的較少，有部分患兒未治可自愈，待成人後可再發。
根據肛門炎症、膿腫、瘻道三個不同階段採用不同的治療原則：
①當肛門周圍尚未形成膿腫，僅見皮下有炎症反應時;可採用保守治療，每日用溫開水坐浴2—3次，適當吃些抗生素，局部可用金黃如意膏外敷等消炎、消腫治療。
②如膿腫已形成，可切開排膿，預防反覆感染，由於距肛竇較近，可一次切至肛竇，可避免日後成肛瘻。
③多數小兒肛瘻，可隨發育生長自己癒合，所以一般不主張及時做根治手術，一旦肛瘻已形成，可等孩子稍大些，到5—10歲時再手術，可行瘻道切開術或掛線治療。如在肛門兩側同時存在兩個瘻道者，應分次行瘻道切開術，若採用掛線方法，可用膠線一次收緊即可。
