肛裂通常發生在肛門瓣和肛門緣之間，內括約肌最下部淺面。初起只是肛管皮膚裂口，有的裂到皮下組織或括約肌。裂口呈線形或梭形，將肛管擴張，則呈圓形或卵圓形，邊緣整齊，底淺有彈性，由縱肌將裂底與內括約肌分開。如治療得當，可以痊癒。
肛裂的臨牀症狀表現爲疼痛難忍和出血。其疼痛很有特點，即先於排便時突發刀割樣疼痛（由於糞便劃破肛管皮膚所致），然後短暫緩解，繼而出現長時間肛痛。肛裂引起的出血也因撕裂血管的程度或多或少，常見因肛裂長期或大量出血而至貧血的病例。
由於內括約肌常痙攣收縮，裂口供血不足，且受到糞便和肛腺分泌物的刺激、感染，使裂口邊緣增厚、周圍充血、底硬，可見內括約肌環肌纖維。感覺敏感，輕微刺激可引起劇烈疼痛。
裂口下端皮膚因炎症改變，淺部靜脈和淋巴迴流阻礙，引起水腫和纖維變性，形成結締組織外痔。裂口上端肛門瓣和肛乳頭水腫和纖維變性，形成肛乳頭肥大。裂口的側緣纖維變硬，周圍組織發生膿腫，破潰到肛管，形成肛裂。裂口底部內括約肌纖維變性明顯，處於痙攣狀態，肛管壓力增高。總之，肛裂可見到裂口、結締組織外痔、肛竇炎、肛門梳硬結和瘻管幾種病理改變。顯微鏡下可見肛管皮下肛竇通道、上皮樣囊腫、肛腺、腺管進入平滑肌和纖維變性。
肛裂早期如果得不到及時治療，會出現肛管潰瘍（裂口纖維化，又稱陳舊性肛裂）、肛乳頭肥大（息肉樣瘤）、哨兵痔（皮贅增生）等三種病症，繼續發展還可出現肛竇炎（肛門慢性炎症）和肛裂（肛門化膿性炎症），與前三症合稱“肛裂五特徵”。也有因長期慢性炎性刺激成肛管癌的可能。
