最佳手術時機的選擇，是要平衡病變的危害，手術的風險，年齡因素的風險，各個醫院的圍手術期處理水平綜合考慮的。
一般來講，室缺的手術時機決定於室缺的大小和位置，分流量大小，和是否合併繼發改變
小的膜周室缺4，5mm以下，有可能自行閉合，可以等到6歲前後。每年要複查。
稍大的膜周室缺但分流量不大，如6mm左右，肌部分流量不大的室缺，可以等到2-3歲，或者體重10公斤以上做。
幹下的室缺，無論大小要早做，容易出現主動脈瓣繼發改變，即使分流量不大也要做。如果沒有瓣膜問題，建議6-10月做。
大的室缺，分流量大，如果沒有反覆感冒，肺炎，沒有生長髮育遲緩，沒有餵養困難，可以到6-8個月做。
