一般來講，艾滋病試紙假陽性率爲0.3%左右，因此艾滋病試紙檢測陽性並不能做爲診斷艾滋病的依據，必須做艾滋病抗體確證實驗才行。
HIV傳播後7一10天可以很容易地檢測到HIVRNA，2--4天能測到較低的信號；但是，這種高靈敏的艾滋病檢測方法可出現高達1%假陽性。通常1-4周後可以出現艾滋病急性症狀（ARS）（通常在艾滋病檢測轉陽前），並且可以持續數日至數週，它的發生可以預示更快的臨牀病程。艾滋病檢測轉陽發生在HIV感染後的1-3周，通常3-5個月後達到病毒調定點。在血庫中首先要篩查供血者的抗HIV抗體和病毒RNA（通常在血漿庫中），對獻血者的檢測大大降低了輸血和血漿製品感染的危險性（三到四百萬分之一）。
通過母嬰傳播感染的嬰兒的病毒載量峯和調定點要比成年人高，而且，出生後頭兩個月感染的嬰兒的病毒RNA水平比出生兩個月以後感染的嬰兒（如哺乳傳播）有更高的調定點。
很多研究人員相信，急性感染期或此後不久發生的事件能夠決定臨牀病程。例如，如果宿主能夠有較強的抗HIV細胞免疫反應，感染就可能侷限在一定部位甚至可能被清除。抗體產生太晚，因此在阻止病毒傳播方面不能起主要作用。炎症的存在可能有助於病毒傳播。因此人們已開始研究，感染後立即使用HAART治療是否能夠保護細胞免疫反應（如CD4+細胞增殖反應），並且使宿主能夠控制感染，尤其是消化道中的記憶CD4+T細胞會被保護。
其他重要的問題如急性感染期有多少種不同的病毒傳播，大量的選擇性生物亞型能否影響臨牀病程？此外，機體免疫的哪些方面能控制病毒複製，並最終建立免疫學調定點等重要問題都在研究中。
艾滋病檢測方法有高的靈敏度，就要承受高的假陽性概率，因爲艾滋病抗體檢測法要將更多的疑似抗原抗體反應的樣本包含其中，必然就有假陽性，這也是爲何抗體初篩方法靈敏度非常高，卻不能做最終的診斷結論的原因。
